基于结构的CXCR4抑制剂的虚拟筛选
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摘要: [摘要]目的 发现新的CXCR4抑制剂,进一步对筛选出的抑制剂与CXCR4的分子结合模型进行分析.方法 以CXCR4为靶点,应用基于AutoDock Vina的新的虚拟筛选工具PyRx对ZINC数据库中的化合物进行虚拟筛选.CXCR4晶体结构(PDB ID:3ODU)从PDB下载,通过AutoDockTools 对结构进行处理.化合物的三维结构从ZINC数据库下载,通过虚拟筛选工具PyRx导入,转换成pdbqt格式.PyRx运行AutoDock Vina以后,筛选以后的化合物构象导入AutoDockTools进行分析,数据处理用PyMOL完成.结果 经过高通量虚拟筛选,从ZINC数据库中大约2万个化合物中得到1 000个类药小分子化合物数据库,再从中进一步筛选靶向CXCR4的抑制剂.经过对建立的化合物数据库的3轮筛选,发现了5个高活性的CXCR4抑制剂.结论 应用基于AutoDock Vina的新的虚拟筛选工具PyRx,以CXCR4为靶点,对ZINC数据库的2万个化合物进行虚拟筛选,发现5个新的CXCR4抑制剂.
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关键词:
- [关键词]CXCR4 /
- 抑制剂 /
- 虚拟筛选 /
- PyRx
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