DNA甲基化的焦磷酸测序通过率

赵斐; 姜焰凌; 张寿勋; 夏生; 鲍建军; 张柠; 杨晓佩; 钟树荣

DNA甲基化的焦磷酸测序通过率

1. 昆明医科大学法医学院
2. 昆明医科大学附属精神卫生中心
3. 昆明医科大学司法鉴定中心

基金项目:

基金：国家自然科学基金资助项目 (81660232, 81000577); 云南省科技厅-昆明医科大学应用基础研究联合专项基金资助项目 (2015FB011); 昆明医科大学大学生创新性试验计划项目 (CX201416, CX201654, 601162023);

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出版历程
- 收稿日期: 2017-05-21

Pyrosequencing Detection Pass Ratio for DNA Methylation

Funds:

摘要

摘要: 目的研究不同的PCR产物投入量 (2.5μL, 5μL和10μL) , 对焦磷酸测序通过率的影响.方法从20例酒依赖患者和20例健康对照全血样本中提取DNA.按各样本的DNA用量200 ng进行亚硫酸盐转化, 经PCR扩增后, 按PCR产物不同投入量 (2.5μL, 5.0μL和10.0μL) , 对目的基因序列进行焦磷酸测序.结果比较各组平均峰高值和焦磷酸测序通过率, 5μL体系的平均峰高以及焦磷酸测序通过率均高于2.5μL体系;10.0μL体系高于5μL体系, 10μL体系为最佳.3组平均峰高和焦磷酸测序通过率, 差异有统计学意义 (P<0.05) .结论在DNA量统一为200 ng进行亚硫酸盐转化的前提下, 所得PCR产物投入量以10μL为最佳, 焦磷酸测序通过率最高, 达100%.
- 焦磷酸测序 /
- DNA甲基化 /
- 平均峰高
Abstract: Objecctive To analyze the result of the pass ratio when we use different dose (2.5 μL, 5 μL and 10 μL) of PCR products to detect DNA methylation by pyrosequencing. Methods DNA extracted from blood samples that collected from 20 alcohol-dependent patients and 20 healthy controls were treated with Epi Tect Fast DNA Bisulfite Kit. PCR amplification was performed using converted DNA as template.We added different dose of PCR products (2.5 μL, 5 μL, 10 μL) to detecte DNA methylation quantification values of target gene. Results By comparing the average peak height and the pass ratio of pyrosequencing, we found the group (10 μL) was the maximum, the group (2.5 μL) was the maximum. The result of the average peak height and the pass ratio of three groups was increased significantly (P<0.05) . Conclusions When we treat 200 ng DNA extracted from blood samples with Epi Tect Fast DNA Bisulfite Kit, the group (10 μL) sequencing pass ratio is optimum. The sequencing pass ratio of the group (10 μL) is 100 %.
- Pyrosequencing /
- Detection pass ratio /
- DNA Methylation

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