HOXD-AS2、MIR3142HG基因多态性与宫颈上皮内瘤变的相关性

陈雪雅; 许金美; 李智; 梁燕; 姚宇峰; 何凤权; 严志凌

HOXD-AS2、MIR3142HG基因多态性与宫颈上皮内瘤变的相关性

陈雪雅¹,
许金美²,
李智³,
梁燕⁴,
姚宇峰¹,
何凤权^5, ,,
严志凌^{2, 3, ,}

1.
中国医学科学院 & 北京协和医学院医学生物学研究所，云南昆明　650118
2.
昆明医科大学第三附属医院妇科，云南昆明　650118
3.
元谋县第一人民医院妇产科，云南元谋　651300
4.
云南开放大学健康护理学院，云南昆明　650500
5.
红河州妇幼保健院妇产科，云南红河　661199

基金项目: 云南省基础研究计划基金资助项目（202201AY070001-139）；云南省“兴滇英才”支持计划产业创新人才基金资助项目（XDYC-CYCX-2023-0074）

详细信息

作者简介:
陈雪雅（1990～），女，山西长治人，在读硕士研究生，主要从事肿瘤的免疫遗传学工作

通讯作者:
何凤权，E-mail：569451434@qq.com

严志凌，E-mail：yanzhiling2021@126.com

中图分类号: R737.33
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出版历程
- 收稿日期: 2024-06-27
- 网络出版日期: 2024-11-06

The Association of HOXD-AS2 and MIR3142HG Gene Polymorphisms with Cervical Intraepithelial Neoplasia

Xueya CHEN¹,
Jinmei XU²,
Zhi LI³,
Yan LIANG⁴,
Yufeng YAO¹,
Fengquan HE^{5
, ,},
Zhiling YAN^{2, 3
, ,}

1.
Institute of Medical Biology，Chinese Academy of Medical Sciences & Peking Union Medical College，Kunming Yunnan 650118
2.
Dept. of Gynaecologic Oncology，The 3rd Affiliated Hospital of Kunming Medical University，Kunming Yunnan 650118
3.
Dept. of Gynecology，The 1st People’s Hospital of Yuanmou County，Yuanmou Yunnan 651300
4.
College of Nursing Health Sciences，Yunnan Open University，Kunming Yunnan 650500
5.
Dept. of Gynaecology and Obstetrics Maternal，Maternal and Child Health Hospital of Honghe Prefecture，Honghe Yunnan 661199，China

摘要

摘要: 目的探究靶向MAPK信号通路的HOXD-AS2、MIR3142HG基因多态性与宫颈上皮内瘤变（cervical intraepithelial neoplasia，CIN）的相关性。方法通过生物信息学工具筛选了2个单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）位点，分别是位于HOXD-AS2启动子区域的rs1348808及位于MIR3142HG增强子区域的rs2431099。同时纳入了976名健康对照者和419名CIN患者，使用TaqMan探针法对其进行基因分型并分析与CIN的相关性。结果 rs1348808的C等位基因可能是CIN3以及CIN2进展为CIN3的保护因素（OR = 0.77，95%CI：0.63～0.94；OR = 0.57，95%CI：0.37～0.90）；rs2431099的A等位基因可能是CIN2的保护因素（OR = 0.50，95%CI：0.31～0.80）。结论 HOXD-AS2、MIR3142HG的基因多态性可能与CIN相关。
- 宫颈上皮内瘤变 /
- 长链非编码RNA /
- 单核苷酸多态性 /
- MAPK信号通路
Abstract: Objective To explore the association of HOXD-AS2 and MIR3142HG gene polymorphism with cervical intraepithelial neoplasia （CIN）. Methods Two single nucleotide polymorphisms （SNPs） located in HOXD-AS2 （rs1348808） and located in MIR3142HG （rs2431099） were selected using bioinformatics tools. The two candidate SNPs were genotyped in 976 healthy individuals and 419 patients with CIN using the TaqMan probe method for genotyping, and the association with CIN were analyzed. Results rs1348808 C allele might be the protective factor for CIN3 as well as the progression from CIN2 to CIN3 （OR = 0.77, 95%CI: 0.63～0.94; OR = 0.57, 95%CI: 0.37～0.90）. Similarly, rs2431099 A allele might be the protective factor of CIN2 （OR = 0.50, 95%CI: 0.31～0.80）. Conclusion HOXD-AS2 and MIR3142HG gene polymorphisms might be associated with CIN.
- Cervical intraepithelial neoplasia /
- lncRNA /
- SNP /
- MAPK signaling pathway

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图 1 RBP-lncRNA相互作用网络。

A：RBP-HOXD-AS2相互作用图；B：RBP-MIR3142HG相互作用图；C：HOXD-AS2及MIR3142HG共有的RBP。

Figure 1. RBP-lncRNA interaction network.

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表 1 所选SNP位点信息

Table 1. The information of selected SNPs in the current study

SNPs	基因	功能	位置	等位基因	中国南方汉族人群MAF
rs1348808	HOXD-AS2	启动子区域	Chr 2: 176135888	C>T	0.28
rs2431099	MIR3142HG	增强子区域	Chr 5: 160459613	A>G	0.33

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表 2 2个SNP位点在3组中等位基因及基因型分布频率结果 [n （%）]

Table 2. Allele and genotype frequencies of two SNPs between three groups [n（%）]

SNPs	等位基因/基因型	对照组	CIN2组	CIN3组	χ²	P
rs1348808	C	529（27.1）	34（33.3）	164（22.3）	9.348	0.009^*
	T	1423（72.9）	68（66.7）	572（77.7）
	C/C	78（8.0）	3（5.9）	22（6.0）	13.525	0.009^*
	C/T	373（38.2）	28（54.9）	120（32.6）
	T/T	525（53.8）	20（39.2）	226（61.4）
rs2431099	A	720（36.9）	23（22.5）	254（34.5）	9.327	0.009^*
	G	1232（63.1）	79（77.5）	482（65.5）
	A/A	136（13.9）	6（11.8）	36（9.8）	19.513	0.001^*
	A/G	448（45.9）	11（21.5）	182（49.4）
	G/G	392（40.2）	34（66.7）	150（40.8）
^*P < 0.016（经Bonferroni校正，n = 3）。

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表 3 rs1348808位点遗传模式分析

Table 3. The inheritance model analysis of rs1348808

模型		CIN3 vs 对照组				CIN3 vs CIN2
模型		OR （95% CI）	P	AIC	BIC	OR （95% CI）	P	AIC	BIC
共显性	T/T	1.00	0.037	1577.3	1592.9	1.00	0.008	306.6	318.7
	C/T	0.75（0.58～0.97）				2.63（1.43～4.76）
	C/C	0.65（0.40～1.08）				1.54（0.42～5.56）
显性	T/T	1.00	0.012	1575.5	1586.0	1.00	0.003	305.4	313.5
	C/T-C/C	0.73（0.57～0.93）				2.44（1.35～4.55）
隐性	T/T-C/T	1.00	0.200	1580.2	1590.7	1.00	0.980	314.3	322.4
	C/C	0.73（0.45～1.19）				0.98（0.28～3.45）
超显性	T/T-C/C	1.00	0.056	1578.2	1588.6	1.00	0.002^*	305.0	313.1
	C/T	0.78（0.61～1.01）				2.50（1.39～4.55）
逻辑累加	---	0.78（0.64～0.95）	0.012^*	1575.5	1585.9	1.72（1.11～2.70）	0.018	308.8	316.9
^*P < 0.05；且AIC和BIC值最小，为分组比较中的最优遗传模式。

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表 4 rs2431099位点在CIN2组和对照组的比较中遗传模式分析

Table 4. The inheritance model analysis of rs2431099 between the CIN2 and control groups

模型		OR （95% CI）	P	AIC	BIC
共显性	T/T	1	5.00×10⁻⁴	396.7	411.5
	C/T	0.28（0.14～0.56）
	C/C	0.51（0.21～1.23）
显性	T/T	1	2.00×10^−4*	395.9	405.7
	C/T-C/C	0.34（0.18～0.61）
隐性	T/T-C/T	1	0.66	409.5	419.4
	C/C	0.83（0.34～1.96）
超显性	T/T-C/C	1	4.00×10⁻⁴	397.2	407.1
	C/T	0.32（0.16～0.64）
逻辑累加	---	0.51（0.32～0.81）	0.003	400.7	410.6
^*P < 0.05；且AIC和BIC值最小，为分组比较中的最优遗传模式。

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