2020年云南省曲靖地区手足口病患儿柯萨奇病毒A6型VP1区基因特征分析

昌思思; 姜黎黎; 罗春蕊; 周晓芳; 寸建萍; 伏晓庆; 田炳均

doi:10.12259/j.issn.2095-610X.S20220503

2020年云南省曲靖地区手足口病患儿柯萨奇病毒A6型VP1区基因特征分析

doi: 10.12259/j.issn.2095-610X.S20220503

1.
昆明市疾病预防控制中心，云南昆明　650228
2.
云南省疾病预防控制中心，云南，昆明　650022

基金项目: 国家科技重大专项基金资助项目（2017ZX10103010）

详细信息

作者简介:
昌思思（1986～）,女，云南昆明人，公共卫生硕士研究生，主管医师，主要从事疾病预防与控制工作

通讯作者:
田炳均，E-mail：tbingjun@hotmail.com

中图分类号: R34
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出版历程
- 收稿日期: 2022-01-27
- 网络出版日期: 2022-05-12
- 刊出日期: 2022-05-27

The Genetic Characteristic Analysis of the VP1 Gene of Coxsackievirus A6 in Qujing Prefecture of Yunnan Province in 2020

1.
Kunming Center for Disease Control & Prevention，Kunming Yunnan，650228
2.
Yunnan Center for Disease Control & Prevention，Kunming Yunnan 650022，China

摘要

摘要: 目的对2020年云南省曲靖地区手足口病（hand,foot and mouth disease, HFMD）病例中的柯萨奇病毒A组6型（Coxsackievirus A6, CV-A6）VP1区基因特征进行分析。方法（1）直接从HFMD病例粪便标本中提取人类肠道病毒（human enteroviruses，EVs）RNA，先用MD91/OL68-1引物对病毒VP4/VP2结合区基因进行逆转录-聚合酶链反应（Reverse-Transcription Polymerase Chian Reaction, RT-PCR）和测序，确定病毒型别，再用各型病毒的相关引物扩增VP1区全序并测序，按测序定型标准对EVs进行VP1区定型；（2）按文献下载基因库中CV-A6病毒VP1区基因参考序列，用MEGA 5.2软件构建系统进化树，进行基因特征和分子流行病学分析。结果 2020年共从曲靖地区HFMD 病例500份标本中检测到49株EVs，EVs阳性率为9.80%（49/500）。49株EVs中，A组病毒（enterovirus species A，EV-A） 48份，占阳性总数的97.96%（48/49），B组病毒（enterovirus species B，EV-B）1份，占2.04%（1/49）。A组病毒共4个血清型，其中CV-A4 3株，占6.12%（3/49）；CV-A6 36株，占73.47%（36/49）；CV-A10 5株，占10.20%（5/49）；CV-A16 4株，占8.16%（4/49）。B组病毒只检测到1株，一个血清型（CV-B4）。用MEGA 5.2软件对36株CV-A6病毒的VP1基因完整序列（915bp）和Yang Song、Mizuta K等发表的26株参考株序列共62株病毒作基因进化分析，曲靖地区36株均为D3a亚型。结论 2020年云南省曲靖地区HFMD流行以CV-A6（占73.47%）为主。基因进化分析表明，跟以往中国内地的情况一样，云南省曲靖地区2020年流行的CV-A6为D3a基因亚型，加强CV-A6病毒的实验室和分子流行病学监测是今后曲靖地区乃至云南省HFMD监测的重要工作。
- 手足口病 /
- 病原体 /
- 柯萨奇病毒A6型 /
- VP1基因 /
- 基因特征分析
Abstract: Objective To analyze the genetic characteristics of the VP1 gene of coxsackievirus A6 （CV-A6） from hand, foot and mouth disease （HFMD） cases collected from Qujing prefecture in 2020. Methods （1） Virus RNA was directly abstracted from stool samples of HFMD cases and virus VP4/VP2 junction region sequence was firstly amplified and sequenced by MD91 and OL68-1 primer pairs, then the virus serotype was determined. The virus entire VP1 gene sequences were determined by relative primer pairs according to the references. （2） The reference sequences of CV-A6 virus entire VP1 gene were downloaded from the GenBank and the phylogenetic tree was constructed and the genetic characteristics and molecular epidemiology were analyzed. Results In 2020, a total of 49 strains of enteroviruses （EVs） were identified with a positive rate of 9.80% （49/500）. Among 49 EVs strains, 48 were enterovirus species A （EV-A）, accounting for 97.96% （48/49）, 1 was enterovirus species B （EV-B）, accounting for 2.04% （1/49）. A total of 4 serotypes were identified from EV-A, among which, 3 were CV-A4, accounting for 6.12% （3/49）; 36 were CV-A6, accounting for 73.47% （36/49）; 5 were CV-A10, accounting for 10.20% （5/49） and 4 were CV-A16, accounting for 8.16% （4/49）. Only one strain of EV-B viruses was identified （coxsackievirus B4, CV-B4）, accounting for 2.04% （1/49）. The phylogenetic characteristics of the entire VP1 gene sequences of 36 strains of CV-A6 identified in this study and 26 reference strains published by Yang Song and Mizuta K were analyzed by MEGA software 5.2. The results showed that all 36 Qujing strains belonged to D3a sub-genotype. Conclusion The outbreaks of HFMD in Qujing prefecture in 2020 are mainly caused by CV-A6, accounting for 73.47%. Phylogenetic analysis shows that, similar to the situation in Mainland of China during the past years, the sub-genotype D3a of CV-A6 is the predominant virus in this outbreak. Strengthening the laboratory and molecular epidemiological surveillance is the important work in Qujing prefecture and even in the whole Yunnan province in the future.
- Hand foot and mouth disease （HFMD） /
- Pathogen /
- Coxsackievirus A6 /
- VP1 gene /
- Genetic analysis

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图 1 2020年曲靖地区CV-A6的基因进化树（●和大三角：曲靖地区分离株）

Figure 1. The phylogenetic tree of CV-A6，Qujing prefecture，2020 （● and big triangle: Qujing isolates）

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表 1 云南省曲靖地区2020年500份标本中HFMD病原分离率（%）

Table 1. Etiological isolation rates from 500 samples of HFMD patients，Qujing prefecture，Yunnan province，2020 （%）

病毒组别	病毒型别	分离数	分离率
EV-A	CV-A4	3	6.12
	CV-A6	36	73.47
	CV-A10	5	10.2
	CV-A16	4	8.16
EV-B	CV-B4	1	2.04

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表 2 2019～2020年曲靖地区HFMD病原检测比较n（%）

Table 2. Pathogen detection from HFMD patients，Qujing prefecture，2019～2020 n（%）

病毒组别	病毒型别	2019年	2020年
EV-A	CV-A4	1（1.61）	3（6.12）
	CV-A6	8（12.90）	36（73.47）
	CV-A10	21（33.87）	5（10.20）
	CV-A16	12（19.35）	4（8.16）
EV-B	CV-B4	−	1（2.04）
	E11	3（4.84）	−
	E12	3（4.84）	−
	E14	1（1.61）	−
	E30	2（3.22）	−
EV-C	PV1	11（17.74）	−
注：“−”表示无。

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