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文山红河地区苗族人群20个常染色体STR基因座遗传多态性研究

徐冲冲 王上 魏巍 张柠 黎宽 连心情 王诗旭 周雪梅 卢晓筱 钟树荣

李欢, 徐秋月, 王云娟, 苏洋, 唐睿珠. 利用逆转录环介导恒温扩增技术建立新型冠状病毒核酸快速检测方法[J]. 昆明医科大学学报, 2021, 42(9): 25-31. doi: 10.12259/j.issn.2095-610X.S20210904
引用本文: 徐冲冲, 王上, 魏巍, 张柠, 黎宽, 连心情, 王诗旭, 周雪梅, 卢晓筱, 钟树荣. 文山红河地区苗族人群20个常染色体STR基因座遗传多态性研究[J]. 昆明医科大学学报, 2022, 43(10): 153-162. doi: 10.12259/j.issn.2095-610X.S20221020
Huan LI, Qiu-yue XU, Yun-juan WANG, Yang SU, Rui-zhu TANG. The Rapid Detection of Nucleic Acid in SARS-CoV-2 by Reverse Transcription Loop Mediated Isothermal Amplification[J]. Journal of Kunming Medical University, 2021, 42(9): 25-31. doi: 10.12259/j.issn.2095-610X.S20210904
Citation: Chongchong XU, Shang WANG, Wei WEI, Ning ZHANG, Kuan LI, Xinqing LIAN, Shixu WANG, Xuemei ZHOU, Xiaoxiao LU, Shurong ZHONG. Genetic polymorphisms of 20 Autosomal STR loci in Miao Population from Wenshan and Honghe Regions, Yunnan Province[J]. Journal of Kunming Medical University, 2022, 43(10): 153-162. doi: 10.12259/j.issn.2095-610X.S20221020

文山红河地区苗族人群20个常染色体STR基因座遗传多态性研究

doi: 10.12259/j.issn.2095-610X.S20221020
基金项目: 国家自然科学基金资助项目(81660232, 81000577);云南省科技厅生物医药领域重大专项基金资助项目(2019ZF003);昆明医科大学百名中青年学术技术骨干基金资助项目(60117190413)
详细信息
    作者简介:

    徐冲冲(1994 ~),男,江西抚州人,在读硕士研究生,主要从事法医物证研究工作

    王上与徐冲冲对本文有同等贡献

    通讯作者:

    卢晓筱,E-mail:470678544@qq.com

    钟树荣,E-mail:zhongshurong@hotmail.com

  • 中图分类号: R394

Genetic polymorphisms of 20 Autosomal STR loci in Miao Population from Wenshan and Honghe Regions, Yunnan Province

  • 摘要:         目的       研究文山红河地区苗族群体20个常染色体STR基因座的遗传多态性,评估其在该人群中的法医学应用价值,为法医DNA分析和人类遗传研究提供基础数据。        方法       采用Chelex-100法提取样本DNA,使用PowerPlex®21试剂盒对该地区2 209例苗族无关健康个体STR基因座进行复合扩增,用ABI 3130自动遗传分析仪对扩增产物进行毛细管电泳分析,用Genemapper ID v3.2软件进行基因分型。采用Modified-Powerstats软件进行Hardy-Weinberg平衡检验,并计算法医学参数。应用Arlequin和Phylip软件分别计算Fst值和Nei's遗传距离。使用SPSS软件进行多维尺度(MDS)分析。采用Mega软件构建相邻连接(N-J)系统发育树。        结果       20个常染色体STR基因座共检出265个等位基因和1080种基因型。等位基因频率分布为0.0002~0.5718,各基因座等位基因频率和基因型频率分布均符合Hardy-Weinberg平衡(P >  0.05/20 = 0.0025)。累积非父排除率(CPE)为 0.999 999 935 545 335,累积个人识别概率(CDP)为 0.999 999 999 999 999 999 999 932 674 151。Nei's遗传距离、N-J系统发育树和MDS分析显示,文山红河地区苗族与云南越南人群遗传关系最近。        结论       20个常染色体STR基因座在文山红河地区苗族群体中具有较高的遗传多态性,可用于法医学鉴定和群体遗传学研究。
  • 2019 年 12月,我国武汉市报道了多例病原体不明的肺炎病例,随后在全中国乃至世界多国暴发流行。2020 年 1 月 7 日,ZHOU 等[1]通过病毒分离和基因组测序,发现引起该肺炎的是一种新型冠状病毒。国际病毒分类委员会将其正式命名为严重急性呼吸道综合征冠状病毒2型(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)[2]。SARS-CoV-2属于β冠状病毒属,其基因组为单链正股RNA,长度为29881个核苷酸[3]。SARS-CoV-2感染导致的新型冠状病毒肺炎(coronavirus disease 2019,COVID-19)传染性强,人群普遍易感,目前全球的疫苗普及率还有待提高,因此及早发现 SARS-CoV-2 感染者并进行有效的隔离与治疗,仍是当下控制疫情最有效的方法。核酸检测是确诊 SARS-CoV-2 感染的最主要的依据,血清学抗体检测是重要的补充方法。目前可用于 RNA 病毒的核酸检测技术主要有基因测序、聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)、基因芯片和恒温核酸扩增等。其中Real-Time qRT-PCR(Real-time quantitative reverse transcription PCR)检测方法是首选方案[4],但该法对操作人员、设备以及实验室环境等要求较高。基因测序和基因芯片技术需要特殊设备,如测序仪、电泳仪及凝胶记录系统等,且存在检测周期长、操作复杂等诸多不便因素。这些方法并不适用于现场、基层医疗单位及资源贫乏的环境下使用。云南省位于我国边境,防疫情输入压力巨大,边境地区条件有限,因此疫情防控工作中需要采用高性能、快速且易操作的方法来进行新冠病毒核酸检测。

    恒温扩增技术是新发展起来的一种核酸检测技术,由于其扩增不需要变温循环的特点受到关注,有望成为分子诊断中PCR的替代技术[5-6]。不同于常规PCR方法,恒温扩增方法不需要变温仪器和多个热循环程序,只需要在一个恒定的温度下就可对核酸进行指数扩增。其中逆转录环介导恒温扩增(RT- loop-mediated isothermal amplification,RT-LAMP)是在恒温条件下,利用链置换DNA聚合酶和针对靶基因6~8个区域设计的4~6条引物即可实现对RNA进行快速(扩增时间通常小于1 h)高效(大于109倍)扩增的检测技术。并且反应结束之后,不需要仪器,凭借肉眼观察颜色变化即可知道扩增结果为阴性或阳性。环介导恒温扩增技术在仪器需求、检测效率、操作方法、结果判读等方面均具有优势,非常适合在条件有限的环境下使用。

    笔者从中国计量科学研究院订购了编号为GBW(E)091099的新型冠状病毒核糖核酸基因组标准物质。该标准物质为人源核糖核酸基因组,含有新型冠状病毒全部基因,包括全长的特征核壳蛋白N基因和开放阅读框1ab(ORF1ab)基因。N基因浓度为1.73×103 copies/μL,ORF1ab基因浓度为8.96×102 copies/μL。

    新冠病毒标准物质用DNA/RNA磁珠法核酸提取试剂盒(天隆科技有限公司,西安,中国)提取,按厂家说明书进行操作。提取好的核酸放置-80 ℃备用。

    为了鉴定SARS-CoV-2,选择其特异性的ORF1ab基因和N基因作为目标基因,从GeneBank下载这两个目标基因的序列。参照疾病预防控制中心(CDC)公布的特征核壳蛋白N基因和开放阅读框1ab(ORF1ab)基因检测靶位[7]附近,采用Geneious10.2.3软件将各序列段与SARS病毒、MERS病毒和甲乙流感病毒序列进行比对,以确保所选序列的特异性,并用primer explorer V.5(http://primerexplorer.jp/e/)软件设计各靶基因的LAMP反应引物:F3,B3两条外引物和FIP,BIP两条内引物以及LF或LB环引物,各亚型引物序列见表1,由上海生工生物工程股份有限公司合成。

    表  1  RT-LAMP引物序列
    Table  1.  Primer sequences for RT-LAMP
    基因名称Primer名称序列(5′-3′)
    F3 caaacgtaacaccaaccgc
    B3 ggcgagccttggggata
    ORF1ab FIP cggcaacaggtaaactccaccacgcccacaggacgtcaag
    BIP taagtgtgcgcgcgactatgtcgccttccacgagg
    LF ggaagacttccgagcggt
    F3 tgcggaaccggtgagt
    B3 cacggtctacgagacctcc
    N FIP ggccgggcatagagtgggtcaccggaattgccgggaag
    BIP ccgcaagactgctagccgagcrccctatcaggcagtacca
    LB tagcgttgggttgcgaaag
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    LAMP检测试剂为WarmStart Colorimetric LAMP 2×Master 1.4 mM的dNTP Mix,320 U的Bst3.0 DNA Polymerase),2.5 μL 引物混合液(FIP、BIP各40 pmol,B3和F3为5 pmol,LB为20 pmol),1 μL cDNA模板,9 μL Rnase free水。RT-LAMP扩增条件为65 ℃、60 min,扩增仪器使用基因扩增仪(天隆Genesy 96T,西安,中国)。当试剂反应体系由红色变为黄色时结果判断为阳性,若始终为红色则为阴性。

    将新型冠状病毒标准物质用于特异性评价,先提取标准物质的RNA,再用针对ORF1ab基因和N基因两套引物分别进行RT-LAMP检测,以甲型、乙型流感病毒质粒以及灭菌注射用水为模板作阴性对照。以新型冠状病毒标准物质为模板时,结果应为阳性;以甲乙流感病毒质粒以及去离子水为模板时,结果应为阴性。

    将提取出的新型冠状病毒标准物质(N基因浓度为1.73×103 copies/μL,ORF1ab基因浓度为8.96×102 copies/μL)用 DEPC水(diethyl pyrocarbonate,焦碳酸二乙酯)稀释至0.50×103 copies/μL(目前临床常用的商品化qRT-PCR试剂的最低检测限)附近。N基因浓度稀释为0.87×103 copies/μL、0.50×103 copies/μL、0.40×103 copies/μL。ORF1ab基因浓度稀释为0.60×103、0.50×103 copies/μL。准备10份原浓度和各稀释浓度的标准物质后分别提取核酸,再采用RT-LAMP方法进行检测,以阳性检出率为100%的最低浓度为该目标基因的最低检测限浓度。

    以一例正常人新鲜血液样本、一例鼻腔分泌物、灭菌注射用水和细胞保存液样本分别作为干扰物,各吸取20 uL(按提取样本体积的10%)加入到稀释至最低检测限的新型冠状病毒标准物质和灭菌注射用水中参与提取,然后用RT-LAMP方法进行检测。加入干扰物后,检测结果的阴阳性应不受影响。

    观察以稀释至各基因最低检测限的新型冠状病毒标准物质为模板在不同的RT-LAMP扩增时间(40 min,50 min,60 min)的反应结果,以权衡选择最佳的反应时间。

    设计针对新型冠状病毒ORF1ab基因和N基因出的2套内、外引物,并在其中筛选出的一套最佳引物和相应的环引物。以新型冠状病毒标准物质为模板时,RT-LAMP反应结果应为阳性;以甲型、乙型流感病毒质粒和灭菌注射用水为模板时,RT-LAMP反应结果为阴性(图1)。

    图  1  特异性评价
    A:ORF1ab基因引物组的特异性评价;B:N基因引物组的特异性评价。图A以ORF1ab基因引物组为引物,加入不同物质为模板,进行RT-LAMP扩增的结果;图B以N基因引物组为引物,加入不同物质为模板,进行RT-LAMP扩增的结果。1:以新型冠状病毒标准物质为模板; 2:以甲型、乙型流感病毒质粒为模板; 3:以灭菌注射用水为模板; NC为阴性对照。
    Figure  1.  Evaluation of specificity

    采用RT-LAMP方法将10份原浓度和各稀释浓度的新型冠状病毒标准物质进行检测,以100%阳性检出率的最低浓度为该目标基因最低检测限。因此ORF1ab基因的最低检测限为0.60×103 copies/μL(图2),N基因的最低检测限为0.50×103copies/μL(图3)。

    图  2  ORF1ab基因的最低检测限评价
    A:1~10:10个复孔,加入的新型冠状病毒标准物质浓度均为8.96×102 copies/μL;B:1~10:10个复孔,加入的新型冠状病毒标准物质浓度均为0.60×103 copies/μL;C:1~10:10个复孔,加入的新型冠状病毒标准物质浓度均为0.50×103 copies/μL;NC为阴性对照。
    Figure  2.  Evaluation of limit of detection of ORF1ab gene set
    图  3  N基因的最低检测限评价
    以N基因引物组为引物,加入不同浓度的新型冠状病毒标准物质为模板,进行RT-LAMP扩增的结果。A:1-10:10个复孔,加入的新型冠状病毒标准物质浓度均为1.73×103 copies/uL;B:1-10:10个复孔,加入的新型冠状病毒标准物质浓度均为0.87×103 copies/uL;C:1-10:10个复孔,加入的新型冠状病毒标准物质浓度均为0.50×103 copies/uL;D:1-10:10个复孔,加入的新型冠状病毒标准物质浓度均为0.40×103 copies/uL;NC为阴性对照。
    Figure  3.  Evaluation of limit of detection of N gene set

    针对新型冠状病毒ORF1ab基因和N基因2套试剂体系在新型冠状病毒标准物质(模拟阳性样本)和灭菌注射用水(模拟阴性样本)中的抗血液、鼻分泌物和样本保存液干扰能力良好,阴阳符合率均为100%(图4)。

    图  4  抗干扰能力评价
    A:ORF1ab基因引物组的抗干扰能力评价;B:N基因引物组的抗干扰能力评价。图A以ORF1ab基因引物组为引物,在阳性、阴性模板中加入不同的干扰物质,进行RT-LAMP扩增的结果;图B以N基因引物组为引物,在阳性、阴性模板中加入不同的干扰物质,进行RT-LAMP扩增的结果。1:以新型冠状病毒标准物质和新鲜血液的混合物为模板; 2:以新型冠状病毒标准物质和鼻分泌物的混合物为模板; 3:以新型冠状病毒标准物质和样本保存液的混合物为模板; 4:以灭菌注射用水和新鲜血液的混合物为模板; 5:以灭菌注射用水和鼻分泌物的混合物为模板; 6:以灭菌注射用水和样本保存液的混合物为模板; NC为阴性对照。
    Figure  4.  Evaluation of anti-interference ability

    为了评估新型冠状病毒ORF1ab基因和N基因RT-LAMP的最短扩增时间,将标准物质稀释至最低检测限附近进行RT-LAMP反应,在40 min,50 min,60 min时结束反应。结果表明ORF1ab基因在50 min变为阳性,N基因在40 min变为阳性(图5)。并且N基因在40 min仍然为阳性。因此,50 min为该体系的最佳反应时间。

    图  5  最佳反应时间评价
    A:ORF1ab基因引物组的最佳反应时间评价;B:N基因引物组的最佳反应时间评价。
    Figure  5.  Evaluation of optimal reaction time

    在SARS-CoV-2的结构蛋白中,N蛋白是最保守的,检测序列特异性的N基因可作为冠状病毒属初步筛选的靶位。ORF1ab基因的同源性较低,可作为区分SARS-CoV-2与其他冠状病毒的重要靶位。因此,联合N基因和ORF1ab基因的检测结果进行综合分析,可尽量避免样本漏检和假阳性。因为本试剂体系是对两个基因分别进行检测,所以其实验结果应综合分析,对于结果的判读见表2

    表  2  RT-LAMP反应结果的判读
    Table  2.  Strategies for judging RT-LAMP results of SARS-COV-2
    试验结果结果判断
    ORF1ab基因、N基因均(+) SARS-CoV-2阳性
    ORF1ab基因、N基因均(−) SARS-CoV-2阴性
    仅有ORF1ab基因(+) 重复检测,若仍为(+),则判为SARS-CoV-2阳性。
    仅有N基因(+) 重复检测,若ORF1ab基因、N基因均(+),则判为SARS-CoV-2阳性。
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    虽然目前我国已经有效控制住了新型冠状病毒的传播,进入疫情防控常态化阶段,但境外新冠肺炎疫情仍然呈暴发蔓延态势。云南省位于我国边境与多个国家接壤,并且近期邻国缅甸国内爆发政变,导致边境城市疫情输入和扩散风险剧增。根据目前最新版新冠肺炎诊疗方案,确诊新型冠状病毒肺炎的首要标准仍为新冠病毒核酸阳性,而新冠病毒特异性抗体仅作新型冠状病毒核酸检测的补充指标,不能完全作为新冠肺炎的确诊依据。qRT -PCR 法是目前检测新冠病毒核酸最常用方法,但对操作人员、设备以及实验室环境等要求较高[8],对于实验条件有限的边境地区不太适用,因此在边境疫情防控工作中需要采用高灵敏、易操作、检测周期短的方法来进行新型冠状病毒肺炎核酸检测。

    核酸扩增技术分为2大类:一类是以PCR为代表的非恒温扩增技术,另一类则是恒温扩增技术。近年来核酸恒温扩增技术得到了迅猛的发展与完善。其中,环介导恒温扩增技术只需在某个恒定的温度下、一个反应步骤即可扩增特异性核酸片段。该技术不需要精密的仪器对反应体系进行反复升降温,同时省去了多个循环进行变性、退火和延伸的耗时过程。并且LAMP技术的一个明显优势是可进行高通量检测,可实现标本的连续检测。由于该技术对引物设计要求很高,针对靶基因上6个区域设计特异性的引物,因此大幅提高了扩增反应的特异性。并且对于反应结果的判读简洁明了,只需要肉眼观察有无扩增反应产物生成就可以确认是否有靶基因存在。LAMP技术简单、快速、特异性强,去除了精密复杂的仪器设备的限制,反应时间短,结果判读简洁直观[9-10]。因为反应温度恒定,在检测过程中可不断插入新样本而对之前的反应不会造成影响,因此可实现标本高通量的自动化检测,十分适合在边境地区推广和应用。常用的LAMP 扩增结果的目测方法有浊度指示法、荧光染料法以及指示剂显色法等。浊度指示法是在试剂体系中加入钙黄绿素,在反应结束后就可通过扩增产物的浑浊度来判读阴阳性。荧光染料法通常以 SYBR Green I 作为显色指示剂,但该荧光染料需要反应后开盖加入,增加了扩增产物污染实验室的风险。我们选用的是 NEB 公司产品,反应前已经预加入酚红为显色指示剂,酚红颜色在扩增反应前后随产物 pH 值变化而变化(如在 pH 值高于8.2时为红色,而低于6.6时为黄色),肉眼判读结果比较直观[11-12]

    引物组属于检测体系的核心组分,我们选择新冠病毒的ORF1ab基因和N基因作为目标检测基因。针对新冠病毒核酸的检测,ORF1ab基因特异度高,N基因敏感度高,单独使用ORF1ab基因和N基因的准确率分别为99%、92.3%,联合检测结果的准确率为99%[13]。通过对两个基因的联合检测,N基因可以检测到低载量的病毒,降低漏检率,ORF1ab基因可以降低假阳性率,因而既保证了SARS-CoV-2检测的敏感性也保证了特异性。笔者参照CDC公布的新冠病毒的ORF1ab和N基因检测靶位附近分别设计出针对两个基因的3套内、外引物。从这些引物中测试、筛选出最佳的引物组。进而设计了这些最佳引物的环引物,以缩短反应时间,继续筛选出最佳的环引物后,系统优化、获取了RT-LAMP检测体系。并在特异性、最低检测限、抗干扰能力和最佳反应时间实验中,经检测标准物质,结果与预期相符,证实了该检测体系的可行性。

    本研究所建立的新冠病毒RT-LAMP的方法依然存在一些局限性,例如检测结果虽然可以通过颜色变化来断定,但这种判断具有一定主观性,而且肉眼观察的颜色变化的敏感性相对较差[14],如采用荧光方法进行检测将明显提升检测的敏感性,同时采用仪器进行检测可避免肉眼判断结果的主观性,但是我们的体系是针对的是条件有限的边境地区,因此用肉眼观察适用性更强。此外,本研究建立的方法的灵敏度还不够理想。提高灵敏度可考虑扩大反应体系,增加提取核酸的量、增大模板量等,但是这将增大试剂成本。

    总之,笔者建立的新冠病毒RT-LAMP方法已达到了研究目的,基于此方法的高特异性,高灵敏度,低成本的特性,非常适合在条件有限的边境地区开展利用。

  • 图  1  基于Nei’s遗传距离构建的文山红河苗族与24个参考群体的NJ系统发育树

    Figure  1.  The phylogenetic tree based on Nei’s genetic distances between Wenshan and Honghe Miao and 24 reference populations

    图  2  基于Nei’s遗传距离对文山红河苗族与24个参考群体的MDS分析

    Figure  2.  Multidimensional Scaling (MDS) analysis based on Nei’s genetic distances between Wenshan and Honghe Miao and 24 reference populations

    表  1  文山红河地区苗族群体20个STR等位基因频率分布 (n = 2209) (1)

    Table  1.   Allele frequency distribution of 20 STR loci in Miao population from Wenshan and Honghe regions (n = 2209) (1)

    D3S1358CSF1POTH01TPOXvWAD13S317FGA
    AFAFAFAF AFAFAF
    130.0002 70.0007 50.001 70.0011 100.0002 70.0009 130.0005
    140.018880.000260.10077.30.0002110.000280.571813.20.0002
    150.327990.007970.283180.3204140.326890.0775140.0002
    160.2856100.215680.061390.0840150.0070100.096514.20.0002
    170.3202110.167190.4755100.0091160.1231110.1493160.0005
    180.0451120.56349.80.0402110.5471170.1720120.0634180.0068
    190.0023130.0408100.038120.0374180.3019130.0333190.0217
    D1S1656140.0043120.0002130.0007190.0583140.0066200.0263
    AFD8S1179D5S818Penta D200.0104150.000220.20.0002
    100.0079AFAFAFD7S820180.0005210.0625
    110.022480.003470.012970.0041AFD16S53921.20.0011
    120.031790.000580.000780.056870.0005AF220.0997
    130.1135100.300490.022290.354980.192880.009522.20.0020
    140.1336110.1453100.24929.80.000290.041990.4380230.0861
    150.2455120.0543110.3115100.14859.10.0009100.084423.20.0054
    160.2036130.1335120.2596110.1225100.1075110.2150240.2664
    16.30.0072140.0661130.136311.20.0007110.4855120.203524.20.0430
    170.0623150.2417140.0063120.1661120.1344130.0290250.2202
    17.30.0476160.0437150.0005130.0996130.0179140.012725.20.0229
    180.0043170.0068290.0005140.0455140.0163150.007525.40.0002
    18.30.1098180.0038300.0005150.0011150.0023160.0002260.0945
    190.0011190.0005190.000226.20.0027
    19.30.0095270.0344
    280.0018
                290.0002
      A:等位基因,F:等位基因频率。
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    表  1  文山红河地区苗族群体20个STR等位基因频率分布 (n = 2209) (2)

    Table  1.   Allele frequency distribution of 20 STR loci in Miao population from Wenshan and Honghe regions (n = 2209) (2)

    D2S1338D18S51D12S391D21S11D6S1043Penta ED19S433
    AFAFAFAF AFAFAF
    13 0.0005 9 0.0002 10 0.0002 19 0.0002 8 0.0007 5 0.0337 9 0.0014
    14 0.0005 10 0.0002 11 0.0002 21 0.0002 9 0.0088 8 0.0052 10 0.0007
    16 0.0054 11 0.0011 14 0.0005 26 0.0002 10 0.0177 9 0.0018 10.2 0.0002
    17 0.0380 12 0.0120 15 0.0054 27 0.0011 11 0.1225 10 0.0783 11 0.0005
    18 0.0450 13 0.2130 15.2 0.0002 28 0.0222 12 0.0827 11 0.1139 11.2 0.0002
    19 0.1668 14 0.2458 16 0.0002 28.2 0.0029 12.3 0.0002 11.4 0.0007 12 0.0222
    20 0.0561 15 0.1446 17 0.0360 29 0.1966 13 0.1121 12 0.0645 12.2 0.0014
    21 0.0217 16 0.2211 18 0.0829 30 0.2374 14 0.1298 13 0.0539 13 0.2584
    22 0.0894 17 0.0269 19 0.3994 30.2 0.0079 14.3 0.0005 14 0.0876 13.2 0.1190
    23 0.2836 18 0.0217 20 0.1097 30.3 0.0009 15 0.0179 15 0.1102 14 0.1446
    24 0.2261 19 0.0607 21 0.1622 31 0.1271 17 0.0965 16 0.1220 14.2 0.0528
    25 0.0383 20 0.0199 22 0.1382 31.2 0.1744 18 0.2249 17 0.0785 15 0.0311
    26 0.0278 21 0.0093 23 0.0283 32 0.0129 18.2 0.0023 18 0.0781 15.2 0.3049
    27 0.0007 22 0.0127 24 0.0195 32.2 0.0913 19 0.1175 19 0.0340 16 0.0091
    23 0.0077 25 0.0138 33 0.0041 19.3 0.0018 20 0.0518 16.2 0.0199
    24 0.0029 26 0.0032 33.2 0.1106 20 0.0405 21 0.0690 17 0.0311
    34.2 0.0097 20.3 0.0106 22 0.0111 17.2 0.0009
    21 0.0129 23 0.0020 18 0.0009
    24 0.0002 24 0.0036 19 0.0002
    25.2 0.0005
                                        26 0.0002
      A:等位基因,F:等位基因频率。
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    表  2  文山红河地区苗族人群20个STR基因座法医学参数 (n = 2209)

    Table  2.   Forensic parameters for 20 STR loci in Miao population from Wenshan and Honghe regions (n = 2209)

    基因座PmDPPICPEPICHoPHWE
    D3S1358 0.1417 0.8583 0.6483 0.4147 1.6188 0.6911 0.1202
    D1S1656 0.0404 0.9596 0.8304 0.6773 3.1453 0.8410 0.3735
    D6S1043 0.0289 0.9711 0.8597 0.7157 3.5844 0.8605 0.0875
    D13S317 0.1659 0.8341 0.6011 0.3253 1.3425 0.6275 0.7826
    Penta E 0.0132 0.9868 0.9108 0.8018 5.1612 0.9031 0.0167
    D16S539 0.1239 0.8761 0.6702 0.4232 1.6485 0.6967 0.1026
    D18S51 0.0575 0.9425 0.7943 0.6459 2.8540 0.8248 0.4664
    D2S1338 0.0532 0.9468 0.8019 0.6081 2.5626 0.8049 0.0223
    CSF1PO 0.2071 0.7929 0.5552 0.3156 1.3159 0.6200 0.1956
    Penta D 0.0673 0.9327 0.7692 0.5855 2.4116 0.7927 0.8458
    TH01 0.1629 0.8371 0.6202 0.3939 1.5491 0.6772 0.8096
    vWA 0.1019 0.8981 0.7139 0.5282 2.0890 0.7607 0.4622
    D21S11 0.0481 0.9519 0.8165 0.6860 3.2361 0.8455 0.2891
    D7S820 0.1285 0.8715 0.6596 0.4358 1.6940 0.7048 0.3279
    D5S818 0.1047 0.8953 0.7120 0.5240 2.0684 0.7583 0.6728
    TPOX 0.2322 0.7678 0.5211 0.2576 1.1658 0.5711 0.0772
    D8S1179 0.0664 0.9336 0.7767 0.6166 2.6235 0.8094 0.4679
    D12S391 0.0759 0.9241 0.7488 0.5371 2.1344 0.7657 0.3763
    D19S433 0.0679 0.9321 0.7731 0.5875 2.4242 0.7937 0.4834
    FGA 0.0414 0.9586 0.8293 0.6985 3.3746 0.8518 0.4262
      Pm:随机匹配概率;DP:个体识别概率;PIC:多态性信息含量;PE:非父排除概率;TPI:典型父权指数;Ho:观测值杂合度;PHWE:Hardy-Weinberg 平衡检验的P值。
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    表  3  文山红河苗族与24个参考群体的Fst值和P值(1)

    Table  3.   Pairwise Fst and P values between Wenshan and Honghe Miao and 24 reference populations(1)

    基因座 新疆喀什维吾尔族云南佤族越南京族印度安得拉人广西侗族海南黎族西藏昌都藏族广东汉族
    CSF1PO Fst 0.04892 0.03811 0.03024 0.04620 0.02721 0.03571 0.02377 0.02719
    P < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001*
    D13S317 Fst 0.12218 0.03381 0.04718 0.12030 0.03643 0.05175 0.24816 0.07356
    P < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001*
    D16S539 Fst 0.04360 0.06322 0.07745 0.06543 0.02189 0.03740 0.04492 0.02776
    P < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001*
    D18S51 Fst 0.01071 0.01880 0.01301 0.00989 0.01164 0.01761 0.01302 0.00857
    P < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001*
    D19S433 Fst 0.04165 0.02227 0.02696 0.06136 0.02219 0.02905 0.03984 0.03079
    P < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001*
    D21S11 Fst 0.01350 0.02236 0.01593 0.02074 0.01449 0.01474 0.01149 0.01519
    P < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001*
    D2S1338 Fst 0.02820 0.02048 0.01664 0.02128 0.01498 0.02782 0.01408 0.01361
    P < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001*
    D3S1358 Fst 0.01401 0.03336 0.00819 0.01508 0.00360 0.00342 0.28564 0.00935
    P < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* 0.00586 < 0.0001* < 0.0001*
    D5S818 Fst 0.01248 0.00881 0.00314 0.02870 0.00300 0.00572 0.00306 0.00379
    P < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* 0.03711
    D7S820 Fst 0.03834 0.02294 0.01684 0.05025 0.01090 0.01764 0.03372 0.02488
    P < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001*
    D8S1179 Fst 0.05130 0.04959 0.02108 0.04055 0.01420 0.03127 0.05009 0.03503
    P < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001*
    FGA Fst 0.02698 0.04601 0.03515 0.02453 0.03024 0.03777 0.02828 0.02921
    P < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001*
    TH01 Fst 0.04075 0.03605 0.02934 0.02730 0.01526 0.01895 0.02651 0.01834
    P < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001*
    TPOX Fst 0.26308 0.15765 0.11015 0.02832 0.07390 0.07432 0.12889 0.08064
    P < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001*
    vWA Fst 0.04013 0.21819 0.01131 0.04052 0.00897 0.00925 0.03436 0.01636
      P < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001*
      经Bonferroni校正,*P < 0.05。
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    表  3  文山红河苗族与24个参考群体的Fst值和P值(2)

    Table  3.   Pairwise Fst and P values between Wenshan and Honghe Miao and 24 reference populations(2)

    基因座 长春汉族广东梅州客家人云南哈尼族爱沙尼亚人新疆维吾尔族新疆阿勒泰汉族北意大利人山东济宁汉族
    CSF1PO Fst 0.02845 0.02576 0.03999 0.06563 0.06321 0.03096 0.07232 0.02451
    P < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* 0.13086 < 0.0001*
    D13S317 Fst 0.07338 0.07404 0.09289 0.18408 0.12976 0.06576 0.17795 0.07631
    P < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001*
    D16S539 Fst 0.01968 0.02633 0.02399 0.07993 0.05339 0.02056 0.08816 0.01928
    P < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* 0.00488 < 0.0001*
    D18S51 Fst 0.00801 0.00740 0.02447 0.02643 0.01278 0.00889 0.02145 0.00944
    P < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* 0.17090 < 0.0001*
    D19S433 Fst 0.03042 0.02772 0.02379 0.08203 0.04816 0.03065 0.07360 0.03426
    P < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001*
    D21S11 Fst 0.01518 0.01438 0.01283 0.02652 0.01642 0.01567 0.01655 0.01626
    P < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001*
    D2S1338 Fst 0.01124 0.01391 0.01628 0.06878 0.02880 0.01358 0.06843 0.01282
    P < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001*
    D3S1358 Fst 0.01494 0.00532 0.01147 0.02766 0.01634 0.00966 0.02401 0.01372
    P < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* 0.00391 < 0.0001* 0.70898 < 0.0001*
    D5S818 Fst 0.00548 0.00405 0.01370 0.02545 0.02061 0.00436 0.03307 0.00406
    P < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* 0.22461 0.01855 < 0.0001* 0.50195 0.00098*
    D7S820 Fst 0.02726 0.01987 0.03182 0.07066 0.03906 0.02420 0.06307 0.03055
    P < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* 0.65137 < 0.0001*
    D8S1179 Fst 0.04940 0.03246 0.06440 0.07994 0.06182 0.04133 0.06670 0.04616
    P < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* 0.01660 < 0.0001*
    FGA Fst 0.02993 0.11697 0.03803 0.04585 0.02702 0.03103 0.04096 0.03085
    P < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001*
    TH01 Fst 0.02150 0.01648 0.03551 0.10167 0.05350 0.02031 0.11555 0.02209
    P < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* 0.00098* < 0.0001*
    TPOX Fst 0.07445 0.07704 0.13817 0.13248 0.10054 0.07168 0.09175 0.06013
    P < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* 0.08008 < 0.0001*
    vWA Fst 0.02037 0.01402 0.01448 0.04766 0.05542 0.01902 0.05278 0.02241
      P < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* 0.12207 < 0.0001*
      经Bonferroni校正,*P < 0.05。
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    表  3  文山红河苗族与24个参考群体的Fst值和P值(3)

    Table  3.   Pairwise Fst and P values between Wenshan and Honghe Miao and 24 reference populations(3)

    基因座 重庆汉族新疆伊犁维吾尔族云南汉族贵州仡佬族云南越南人群重庆万州汉族云南布朗族四川汉族
    CSF1PO Fst 0.03178 0.03343 0.03217 0.02091 0.00103 0.03921 0.03871 0.03047
    P < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* 0.13965 < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001*
    D13S317 Fst 0.06456 0.13545 0.05557 0.06217 0.00683 0.06135 0.05160 0.06628
    P < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001*
    D16S539 Fst 0.02318 0.05632 0.02659 0.03085 0.00468 0.02083 0.04630 0.01722
    P < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* 0.00098* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001*
    D18S51 Fst 0.00944 0.01731 0.00897 0.00461 0.00068 0.00821 0.00616 0.00901
    P < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* 0.00293* 0.15430 < 0.0001* 0.00977 < 0.0001*
    D19S433 Fst 0.03200 0.04606 0.02251 0.02716 0.00115 0.02517 0.02561 0.02336
    P < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* 0.07812 < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001*
    D21S11 Fst 0.01482 0.07764 0.01327 0.01314 0.00011 0.01627 0.01728 0.01565
    P < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* 0.33984 < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001*
    D2S1338 Fst 0.01306 0.02377 0.01331 0.01143 0.00021 0.01356 0.02894 0.01220
    P < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001*
    D3S1358 Fst 0.00722 0.02473 0.01089 0.00541 −0.00069 0.00579 0.01281 0.01077
    P < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* 0.00879 0.73242 0.00391 0.00195* < 0.0001*
    D5S818 Fst 0.00339 0.01863 0.00141 0.00224 −0.00025 0.00293 0.00122 0.00356
    P 0.00293* < 0.0001* 0.00781 0.05957 0.50781 0.02344 0.19824 0.02441
    D7S820 Fst 0.01968 0.03992 0.01457 0.01572 −0.00058 0.01832 0.02008 0.02432
    P < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* 0.71582 < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001*
    D8S1179 Fst 0.03540 0.06019 0.02853 0.03766 0.00229 0.03909 0.04517 0.03944
    P < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* 0.02832 < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001*
    FGA Fst 0.02704 0.02258 0.02632 0.02894 0.00134 0.03556 0.03506 0.02807
    P < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* 0.04004 < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001*
    TH01 Fst 0.02076 0.04799 0.02055 0.01987 0.00701 0.02384 0.04211 0.01968
    P < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* 0.00098* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001*
    TPOX Fst 0.07255 0.08357 0.08606 0.06064 0.00183 0.07700 0.15788 0.08363
    P < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* 0.07617 < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001*
    vWA Fst 0.01477 0.04525 0.01162 0.01530 0.00092 0.01369 0.02023 0.02211
      P < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001* 0.13477 < 0.0001* < 0.0001* < 0.0001*
      经Bonferroni校正,P < 0.05。
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    表  4  文山红河苗族与24个参考群体的Nei's遗传距离

    Table  4.   Nei’s standard genetic distances between Wenshan and Honghe Miao and 24 reference populations

     [1][2][3][4][5][6][7][8][9][10][11][12][13][14][15][16][17][18][19][20][21][22][23][24][25]
    新疆喀什维吾尔族[1]0.0000
    云南佤族[2]0.12080.0000
    越南京族[3]0.04490.07180.0000
    印度安得拉人[4]0.03430.16750.08550.0000
    广西侗族[5]0.05300.08410.00840.08030.0000
    海南黎族[6]0.04940.08600.00750.08160.00540.0000
    西藏昌都藏族[7]0.33020.41710.33960.37750.32510.33340.0000
    广东汉族[8]0.03430.08180.01220.06320.00910.00900.30120.0000
    长春汉族[9]0.03850.09540.02460.06490.01760.01730.29410.00350.0000
    广东梅州客家人[10]0.10710.15510.07150.13230.06910.07210.39580.06850.07460.0000
    云南哈尼族[11]0.05240.08660.02690.08930.02530.02450.30670.01300.01500.07670.0000
    爱沙尼亚人[12]0.73660.72770.76850.77300.81950.80011.53010.82320.86280.73290.85260.0000
    新疆维吾尔族[13]0.00610.13100.05510.04140.06850.06520.34660.04860.05500.12140.07090.76100.0000
    新疆阿勒泰汉族[14]0.03630.09030.01890.06610.01230.01250.29590.00200.00110.07200.01450.84110.05250.0000
    北意大利人[15]0.03810.21670.13080.06540.14470.14050.40200.12630.13770.20160.14270.71820.03710.13140.0000
    山东济宁汉族[16]0.03990.09630.02530.06560.01870.01770.29670.00390.00080.07590.01590.85900.05650.00140.13920.0000
    重庆汉族[17]0.04080.07990.01230.06800.00750.00790.30840.00200.00560.07050.01570.81550.05580.00300.13820.00570.0000
    新疆伊犁维吾尔族[18]0.00910.12460.05340.04230.06620.06130.34160.04510.05280.12070.06220.77050.00910.05050.04330.05350.05200.0000
    云南汉族[19]0.03850.07980.01030.07070.00710.00870.30750.00210.00510.06680.01450.81790.05400.00300.13520.00600.00230.05130.0000
    贵州仡佬族[20]0.04160.09270.01710.06970.00870.00970.30480.00370.00500.06920.02040.82910.05890.00280.13930.00530.00320.05600.00340.0000
    云南越南人群[21]0.09640.15540.06150.09870.04450.05170.39650.05830.06640.10810.08990.86560.11490.05970.18900.06420.05270.11270.05400.05110.0000
    重庆万州汉族[22]0.04650.09020.01600.07920.00930.01010.30360.00440.00510.07200.01510.83020.06460.00280.14570.00550.00450.06270.00400.00330.05670.0000
    云南布朗族[23]0.05150.06500.01120.10030.01780.02220.32350.01890.03220.08160.02800.76550.06050.02630.13400.03310.01860.05800.01760.02550.08250.02510.0000
    四川汉族[24]0.03470.08520.01710.06400.01450.01460.30150.00300.00410.07470.01510.81820.04930.00310.12970.00460.00390.04510.00370.00610.06350.00650.02340.0000
    文山红河苗族[25]0.11880.17680.07880.11510.05460.06970.42330.07500.08060.11970.11140.90450.14020.07410.22440.07950.06870.13770.06610.06330.02650.07150.10360.07650.0000
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    [7] 杨朔, 卢晓筱, 张寿勋, 夏生, 张柠, 张秀峰, 李佳珏, 胡利平, 钟树荣.  云南壮族、傣族、哈尼族20个常染色体STR基因座遗传多态性, 昆明医科大学学报.
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出版历程
  • 收稿日期:  2022-07-08
  • 网络出版日期:  2022-10-09
  • 刊出日期:  2022-10-31

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