Polymorphism of 19 Autosomal STR Loci in Achang and De’ang Populations
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摘要:
目的 对中国云南省阿昌族和德昂族人群无关个体进行 19 个 STR 基因座遗传多态性调查，评估多态性数据在少数民族人群中的法医学应用价值。 方法 检验154例阿昌族和405例德昂族无关个体，用Goldeneye™ 20A试剂盒进行扩增检测，使用ABI3130毛细管电泳仪分离扩增产物片段并进行等位基因分型。 结果 阿昌族人群共检出184个等位基因，等位基因频率分布在 0.0032 ～0.5714 ，在德昂族人群共检出212个等位基因，等位基因频率分布在0.0012 ～0.5568 ，TPOX、TH01、CSF1PO 和D3S1358基因座多态性和识别能力较差。基因型分布均符合哈温平衡，CDP和CPE均显示有较好的识别度。结论 合并检测19 个常染色体STR 基因座在阿昌族和德昂族群体中具有较好的遗传多态性和个体识别能力。 Abstract:Objective To study the genetic polymorphism of 19 STR loci in unrelated individuals of Achang and Deang ethnic groups in Yunnan Province, China, and to evaluate the forensic value of polymorphism data in ethnic groups. Methods 154 Achang and 405 Deang unrelated individuals were examined and amplified with Goldeneye™ 20A kit. ABI3130 capillary electrophoresis apparatus was used to isolate the amplified product fragments and genotype the alleles. Results A total of 184 alleles were detected in Achang population with allele frequencies ranging from 0.0032 to0.5714 , and 212 alleles were detected in De’ang population with allele frequencies ranging from0.0012 to0.5568 , indicating poor polymorphism and identification ability of loci for TPOX, TH01, CSF1PO and D3S1358. The genotype distribution was consistent with the Hardy-Weinberg equilibrium, and both CDP and CPE showed good recognition.Conclusion The combined detection of 19 autosomal STR loci showed good genetic polymorphism and individual recognition ability in Achang and De’ang populations. -
Key words:
- Forensic physical evidence /
- Achang /
- De’ang /
- Short tandem repeats
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图 1 基于DA distances构建邻接法进化树。
Figure 1. Construction of neighbour-joining method evolutionary tree based on DA distances.
表 1 阿昌族（n = 154）和德昂族（n = 405） 群体 19 个 STR 等位基因频率分布
Table 1. Frequency distribution of 19 STR alleles in Achang （n = 154） and De’ang （n = 405）
阿昌族 德昂族 阿昌族 德昂族 阿昌族 德昂族 阿昌族 德昂族 Allele D19S433 D6S1043 D21S11 D18S51 9 0.00974 0.002469 10 0.051948 0.067901 27 0.016234 0.002469 10 0 0.006173 11 0.003247 0 11 0.207792 0.182716 28 0.035714 0.050617 11 0 0.003704 11.2 0 0.003704 12 0.12987 0.144444 28.2 0.003247 0.007407 12 0.045455 0.028395 12 0.045455 0.035802 13 0.116883 0.095062 29 0.318182 0.202469 13 0.256494 0.206173 12.2 0.006494 0.006173 14 0.146104 0.106173 29.2 0 0.009877 14 0.172078 0.177778 13 0.227273 0.241975 15 0 0.012346 30 0.272727 0.255556 15 0.198052 0.214815 13.2 0.048701 0.071605 16 0.003247 0.003704 30.2 0.035714 0.050617 16 0.103896 0.151852 14 0.272727 0.219753 17 0.055195 0.04321 30.3 0 0.002469 17 0.029221 0.059259 14.2 0.168831 0.134568 18 0.084416 0.132099 31 0.094156 0.074074 18 0.025974 0.041975 15 0.064935 0.088889 18.2 0.003247 0.033333 31.2 0.055195 0.08642 19 0.064935 0.02963 15.2 0.094156 0.134568 19 0.126623 0.124691 32 0.035714 0.023457 20 0.025974 0.034568 16 0.012987 0.018519 20 0.071429 0.048148 32.2 0.094156 0.149383 21 0.022727 0.014815 16.2 0.042208 0.040741 20.3 0.003247 0.001235 33 0 0.003704 22 0.025974 0.017284 17 0.003247 0 21 0 0.002469 33.2 0.035714 0.076543 23 0.019481 0.006173 17.2 0 0.001235 21.3 0 0.002469 34.2 0.003247 0.004938 24 0.00974 0.003704 25 0 0.002469 阿昌族 德昂族 阿昌族 德昂族 阿昌族 德昂族 26 0 0.001235 D7S820 D16S539 TPOX 7 0 0.001235 8 0.012987 0.006173 7 0 0.001235 阿昌族 德昂族 8 0.12013 0.171605 9 0.24026 0.17284 8 0.571429 0.55679 Penta E 9 0.090909 0.061728 10 0.162338 0.123457 9 0.159091 0.125926 5 0.087662 0.038272 10 0.107143 0.14321 11 0.237013 0.251852 10 0.025974 0.024691 7 0.006494 0.004938 11 0.36039 0.351852 12 0.224026 0.306173 11 0.220779 0.281481 8 0.006494 0.028395 12 0.25974 0.235802 13 0.094156 0.12716 12 0.019481 0.007407 9 0.025974 0.011111 13 0.061688 0.02963 14 0.029221 0.009877 13 0 0.002469 10 0.025974 0.022222 14 0 0.004938 15 0 0.002469 14 0.003247 11 0.191558 0.196296 12 0.116883 0.12716 阿昌族 德昂族 阿昌族 德昂族 阿昌族 德昂族 13 0.055195 0.05679 vWA TH01 D13S317 14 0.087662 0.117284 14 0.269481 0.254321 5 0 0.002469 7 0 0.001235 15 0.094156 0.058025 15 0.012987 0.012346 6 0.103896 0.093827 8 0.318182 0.224691 16 0.064935 0.1 16 0.152597 0.176543 7 0.217532 0.258025 9 0.13961 0.17037 17 0.051948 0.051852 17 0.285714 0.25679 8 0.048701 0.069136 10 0.175325 0.169136 18 0.045455 0.041975 18 0.191558 0.181481 9 0.571429 0.477778 11 0.214286 0.24321 19 0.048701 0.038272 19 0.064935 0.101235 9.3 0.032468 0.058025 12 0.107143 0.133333 20 0.048701 0.02963 20 0.022727 0.017284 10 0.025974 0.039506 13 0.035714 0.050617 21 0.019481 0.032099 12 0 0.001235 14 0.006494 0.007407 22 0.00974 0.018519 阿昌族 德昂族 15 0.003247 0 23 0.00974 0.01358 Penta D 阿昌族 德昂族 24 0.003247 0.009877 6 0.003247 0 D5S818 阿昌族 德昂族 25 0 0.003704 7 0.032468 0.039506 7 0.032468 0.032099 D8S1179 8 0.022727 0.037037 9 0.087662 0.060494 9 0.00974 0 阿昌族 德昂族 9 0.311688 0.328395 10 0.224026 0.219753 10 0.094156 0.109877 FGA 10 0.133117 0.096296 11 0.272727 0.349383 11 0.048701 0.104938 16 0 0.001235 11 0.136364 0.185185 12 0.25 0.164198 12 0.168831 0.109877 17 0 0.001235 12 0.181818 0.160494 12.2 0 0 13 0.217532 0.245679 18 0.032468 0.017284 13 0.133117 0.085185 13 0.116883 0.158025 14 0.207792 0.222222 19 0.051948 0.083951 14 0.038961 0.049383 13.2 0 0 15 0.159091 0.148148 20 0.064935 0.065432 15 0.006494 0.004938 14 0.016234 0.014815 16 0.087662 0.050617 20.2 0 0.001235 16 0 0.004938 14.2 0 0 17 0.006494 0.004938 21 0.116883 0.145679 17 0 0.008642 15 0 0.001235 18 0 0.003704 21.2 0.006494 0.014815 22 0.198052 0.181481 阿昌族 德昂族 阿昌族 德昂族 阿昌族 德昂族 22.2 0.003247 0.033333 D12S391 D3S1358 D2S1338 23 0.224026 0.177778 15 0.012987 0.019753 12 0 0.003704 16 0 0.004938 23.2 0.006494 0.007407 16 0 0.002469 14 0.071429 0.018519 17 0.081169 0.091358 24 0.178571 0.140741 17 0.097403 0.102469 15 0.288961 0.262963 18 0.097403 0.114815 24.2 0 0.004938 18 0.269481 0.193827 16 0.340909 0.390123 19 0.204545 0.198765 25 0.074675 0.069136 19 0.194805 0.228395 17 0.194805 0.230864 20 0.107143 0.134568 25.2 0 0.001235 20 0.172078 0.164198 18 0.097403 0.076543 21 0.035714 0.051852 26 0.025974 0.039506 20.3 0 0.001235 19 0.006494 0.017284 22 0.058442 0.037037 26.2 0.003247 0 21 0.107143 0.116049 23 0.230519 0.197531 27 0.00974 0.009877 22 0.058442 0.1 阿昌族 德昂族 24 0.12987 0.12963 28 0.003247 0.002469 23 0.064935 0.049383 CSF1PO 25 0.051948 0.032099 30 0 0.001235 24 0.00974 0.017284 7 0.003247 0.002469 26 0.003247 0.006173 25 0.00974 0.004938 9 0.038961 0.038272 28 0 0.001235 27 0.003247 0 10 0.168831 0.195062 11 0.243506 0.264198 12 0.483766 0.42716 13 0.058442 0.058025 14 0.003247 0.014815 
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表 2 阿昌 族人群19个 STR 基因座法医学参数 （n = 154）
Table 2. Forensic parameters of 19 STR loci in Achang population （n = 154）
基因座 DP PIC PE Ho He HWE D19S433 0.945522 0.804624 0.658107 0.83117 0.82852 0.3546 D5S818 0.915669 0.758485 0.696145 0.85065 0.79284 0.59839 D21S11 0.926632 0.773455 0.683379 0.84416 0.80082 0.8326 D18S51 0.95328 0.827113 0.734903 0.87013 0.84718 0.57497 D6S1043 0.966099 0.857387 0.683379 0.84416 0.87375 0.64145 D3S1358 0.889695 0.706083 0.504227 0.74675 0.75014 0.77851 D13S317 0.926379 0.759438 0.49325 0.74026 0.79238 0.34664 D7S820 0.90926 0.731138 0.526578 0.75974 0.76716 0.7837 D16S539 0.927391 0.76932 0.561061 0.77922 0.80228 0.39306 CSF1PO 0.847613 0.625541 0.319876 0.62338 0.67541 0.46081 Penta D 0.938607 0.789012 0.608717 0.80519 0.81526 0.86869 vWA 0.913054 0.74669 0.608717 0.80519 0.78341 0.44697 D8S1179 0.946871 0.815639 0.658107 0.83117 0.83935 0.18709 TPOX 0.786558 0.546669 0.243946 0.55844 0.6003 0.38728 Penta E 0.97917 0.899686 0.74796 0.87662 0.90958 0.22407 TH01 0.797015 0.569116 0.39113 0.67532 0.61325 0.26074 D12S391 0.94898 0.810084 0.620911 0.81169 0.83356 0.8492 D2S1338 0.957244 0.836795 0.64561 0.82468 0.85598 0.18431 FGA 0.956897 0.831533 0.546801 0.77273 0.85338 0.06538
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表 3 德昂族人群19个 STR 基因座法医学参数 （n = 405）
Table 3. Forensic parameters of the 19 STR loci in the De’ang population （n = 405）
基因座 DP PIC PE Ho He HWE D19S433 0.955293 0.821658 0.68879 0.84691 0.84161 0.76218 D5S818 0.915348 0.739773 0.506603 0.74815 0.77375 0.30762 D21S11 0.960305 0.829765 0.64564 0.82469 0.84774 0.46982 D18S51 0.957013 0.830252 0.713194 0.85926 0.84895 0.72593 D6S1043 0.973327 0.870853 0.737864 0.8716 0.88345 0.35083 D3S1358 0.872465 0.670612 0.426353 0.69877 0.71973 0.29366 D13S317 0.934955 0.785146 0.576331 0.78765 0.81334 0.01121 D7S820 0.91169 0.730856 0.477606 0.73086 0.76687 0.49519 D16S539 0.918299 0.747814 0.540887 0.7679 0.78237 0.3085 CSF1PO 0.863198 0.65701 0.430172 0.70123 0.7055 0.84841 Penta D 0.942649 0.78763 0.585365 0.79259 0.81108 0.82614 vWA 0.92709 0.763071 0.519319 0.75556 0.79556 0.20201 D8S1179 0.948782 0.808824 0.59904 0.8 0.83158 0.13579 TPOX 0.775565 0.532208 0.279196 0.59012 0.59496 0.68693 Penta E 0.982265 0.896353 0.76777 0.88642 0.90469 0.44102 TH01 0.863844 0.645089 0.368088 0.65926 0.68748 0.98889 D12S391 0.956537 0.827775 0.655136 0.82963 0.84722 0.24349 D2S1338 0.964219 0.844191 0.64564 0.82469 0.86094 0.18845 FGA 0.970133 0.862321 0.679111 0.84198 0.87602 0.26774
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表 4 阿昌族、德昂族与其他8个人群的Standard genetic distances和Standard error
Table 4. Standard genetic distances and Standard error of Achang，De’ang and other 8 populations
民族 阿昌族 德昂族 云南回族 哈萨克族 浦东汉族 山西运城汉族 傣族 哈尼族 彝族 纳西族 阿昌族 0.0006 0.0006 0.0035 0.0006 0.0004 0.0008 0.001 0.0008 0.0005 德昂族 0.0009 0.0008 0.0022 0.0012 0.0009 0.0007 0.0009 0.0014 0.0011 云南回族 0.0006 0.0017 0.0019 0.0002 0.0002 0.0007 0.0007 0.0014 0.0003 哈萨克族 0.007 0.005 0.0035 0.0025 0.0021 0.0024 0.0023 0.0023 0.0022 浦东汉族 0.0007 0.0025 0.0001 0.0047 0.0002 0.0009 0.0006 0.0012 0.0003 山西运城汉族 0.0002 0.0017 − 0.0002 0.0034 − 0.0003 0.0008 0.0004 0.0011 0.0002 傣族 0.0013 0.0011 0.0018 0.0058 0.0022 0.0021 0.0007 0.0012 0.001 哈尼族 0.0012 0.002 0.0017 0.0054 0.0016 0.0008 0.0017 0.0013 0.0007 彝族 0.0003 0.0026 0.0018 0.0056 0.0019 0.0019 0.0016 0.0026 0.0007 纳西族 0.0006 0.0026 0.0005 0.0046 0.0007 0.0002 0.0025 0.0018 0.001
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