<i>TMTC1</i>基因多态性与精神分裂症的关联性

程甜甜; 尹文卅; 王佳; 卢玉梅; 陈炫羽; 聂胜洁; 刘林林

doi:10.12259/j.issn.2095-610X.S20231014

TMTC1基因多态性与精神分裂症的关联性

doi: 10.12259/j.issn.2095-610X.S20231014

程甜甜^{1, 2},
尹文卅³,
王佳^{1, 2, 4},
卢玉梅^{1, 2},
陈炫羽^{1, 2},
聂胜洁^{1, 2},
刘林林^{1, 2, ,}

1.
昆明医科大学法医学院，云南昆明　650500
2.
国家卫健委毒品依赖和戒治重点实验室，云南昆明　650500
3.
云南省精神病医院/昆明医科大学附属精神卫生中心医务部，云南昆明　650224
4.
昆明市延安医院检验科，云南昆明　650051

基金项目: 国家自然科学基金资助项目（31860300）；云南省科技厅-昆明医科大学应用基础研究联合专项基金资助项目（202301AY070001-232）；云南省教育厅科学研究基金资助项目（2023Y0616）；昆明市卫生健康委员会卫生科研课题基金资助项目（2022-03-09-002）

详细信息

作者简介:
程甜甜（2000～），女，河南驻马店人，在读硕士研究生，主要从事法医遗传学研究工作

尹文卅与程甜甜对本文有同等贡献

刘林林，博士，副教授，硕士研究生导师，现任昆明医科大学法医学院法医学系副主任、昆明医科大学司法鉴定中心法医物证鉴定室主任，昆明医科大学百名中青年学术和技术骨干、云南省司法鉴定协会法医类专业委员会委员、云南省司法鉴定专家库专家。从事法医物证学领域教学、科研和司法鉴定工作，致力于法医遗传标记、精神疾病遗传及表观遗传调控研究。主持完成各类科研项目10余项，以第1作者或通讯作者在Science China Life Sciences、Science Bulletin、Psychiatry Research、American Journal Of Drug And Alcohol Abuse、Neuroscience Letters、Journal of Molecular Neuroscience、International Journal of Legal Medicine等国内外学术期刊发表高水平论文31篇，其中SCI论文16篇

通讯作者:
刘林林，E-mail：liull0818@126.com

中图分类号: R749.3
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出版历程
- 收稿日期: 2023-07-26
- 网络出版日期: 2023-09-07
- 刊出日期: 2023-10-25

Association between TMTC1 Gene Polymorphisms and Schizophrenia

Tiantian CHENG^{1, 2},
Wensa YIN³,
Jia WANG^{1, 2, 4},
Yumei LU^{1, 2},
Xuanyu CHEN^{1, 2},
Shengjie NIE^{1, 2},
Linlin LIU^{1, 2
, ,}

1.
School of Forensic Medicine，Kunming Medical university，Kunming Yunnan 650500
2.
NHC Key Laboratory of Drug Addiction Medicine，Kunming Yunnan 650500
3.
Dept. of Medical，The Mental Hospital of Yunnan Province/The Mental Health Center Affiliated to Kunming Medical University，Kunming Yunnan 650224
4.
Clinical laboratory，Kunming Yan’an Hospital，Kunming Yunnan 650051，China

摘要

摘要: 目的探讨TMTC1基因单核苷酸多态性与精神分裂症的相关性。方法共纳入207例精神分裂症患者和186例健康对照。采用SNPscan ^TM多重SNP分型技术，对TMTC1基因7个SNP位点进行基因分型检测，比较等位基因、基因型和单倍型之间的差异，并分析在不同的遗传模式下SNP位点与精神分裂症易感性的相关性。结果 7个SNP位点的基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡；7个位点的等位基因频率和基因型频率分布在2组间差异无统计学意义（P > 0.05）。不同遗传模式下7个SNP位点多态性均与精神分裂症发病风险无关（P > 0.05）；但rs10332与rs16934358、rs10332与rs2023588、rs16934358与rs2023588、rs16934358与rs7503之间存在高度连锁不平衡。结论 TMTC1基因rs7503、rs10332、rs2023588、rs16934358、rs2113879、rs679087、rs4931240位点多态性与精神分裂症无关，需要扩大样本量和筛选新的SNP位点进一步分析。
- 精神分裂症 /
- TMTC1 /
- 单核苷酸多态性 /
- 连锁不平衡检验
Abstract: Objective To explore the association between single nucleotide polymorphisms of TMTC1 gene and schizophrenia. Methods A total of 207 patients with schizophrenia and 186 healthy controls were included in the study. SNPscan^TM multiplex SNP genotyping technology was used to perform genetic typing of 7 SNP loci in the TMTC1 gene. Differences in allele frequencies, genotypes, and haplotypes were compared, and the correlation between SNP loci and susceptibility to schizophrenia was analyzed under different genetic models. Results The genotype distribution of the 7 SNP sites loci is consistent with Hardy-Weinberg equilibrium. There was no statistically significant difference in the allele and genotype frequency distribution of the 7 loci between the two groups （P > 0.05）. The polymorphisms of the 7 SNP loci under different genetic models are not associated with the risk of schizophrenia （P > 0.05）. However, there is a high degree of linkage disequilibrium （LD） between rs10332 and rs16934358, rs10332 and rs2023588, rs16934358 and rs2023588, rs16934358 and rs7503. Conclusion The polymorphisms of the TMTC1 gene at rs7503, rs10332, rs2023588, rs16934358, rs2113879, rs679087, and rs4931240 sites are not associated with schizophrenia. Further analysis is needed by increasing the sample size and screening for new SNP loci.
- Schizophrenia /
- TMTC1 /
- Single nucleotide polymorphism /
- Linkage disequilibrium

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图 1 TMTC1基因SNPs间连锁不平衡分析

A：D′检验；B：R²检验。

Figure 1. Analysis of linkage disequilibrium between SNPs of TMTC1 gene

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表 1 2组TMTC1基因SNP位点等位基因频率分布[n（%）]

Table 1. Allele frequency distribution of SNP sites in two groups of TMTC1 gene [n（%）]

SNP	分层	等位基因	病例组	对照组	χ²	P
rs10332	总样本	C	286（69. 1）	261（70.2）	0.107	0.742
	总样本	T	128（30.9）	111（29.8）	0.107	0.742
	男性	C	103（66.9）	162（71.1）	0.752	0.385
	男性	T	51（33.1）	66（28.9）	0.752	0.385
	女性	C	183（70.4）	99（68.8）	0. 117	0.731
	女性	T	77（29.6）	45（31.3）	0. 117	0.731
rs16934358	总样本	T	337（81.4）	301（80.9）	0.030	0.861
	总样本	C	77（18.6）	71（19. 1）	0.030	0.861
	男性	T	128（83. 1）	183（80.3）	0.494	0.481
	男性	C	26（16.9）	45（19.7）	0.494	0.481
	女性	T	209（80.4）	118（81.9）	0.146	0.702
	女性	C	51（19.6）	26（18. 1）	0.146	0.702
rs2023588	总样本	T	209（50.5）	190（51.1）	0.027	0.868
	总样本	C	205（49.5）	182（48.9）	0.027	0.868
	男性	T	76（49.4）	118（51.8）	0.212	0.644
	男性	C	78（50.6）	110（48.2）	0.212	0.644
	女性	T	133（51.2）	72（50.0）	0.049	0.824
	女性	C	127（48.8）	72（50.0）	0.049	0.824
rs2113879	总样本	A	247（59.7）	210（56.5）	0.829	0.362
	总样本	G	167（40.3）	162（43.5）	0.829	0.362
	男性	A	90（58.4）	130（57.0）	0.076	0.782
	男性	G	64（41.6）	98（43.0）	0.076	0.782
	女性	A	157（60.4）	80（55.6）	0.891	0.345
	女性	G	103（39.6）	64（44.4）	0.891	0.345
rs4931240	总样本	T	311（75.1）	279（75.0）	0.001	0.968
	总样本	C	103（24.9）	93（25.0）	0.001	0.968
	男性	T	117（76.0）	170（74.6）	0.098	0.754
	男性	C	37（24.0）	58（25.4）	0.098	0.754
	女性	T	194（74.6）	109（75.7）	0.057	0.810
	女性	C	66（25.4）	35（24.3）	0.057	0.810
rs679087	总样本	C	319（77.1）	287（77.2）	0.001	0.974
	总样本	A	95（22.9）	85（22.8）	0.001	0.974
	男性	C	118（76.6）	180（78.9）	0.289	0.591
	男性	A	36（23.4）	48（21.1）	0.289	0.591
	女性	C	201（77.3）	107（74.3）	0.461	0.497
	女性	A	59（22.7）	37（25.7）	0.461	0.497
rs7503	总样本	A	289（69.8）	252（67.7）	0.389	0.532
	总样本	G	125（30.2）	120（32.3）	0.389	0.532
	男性	A	114（74.0）	153（67.1）	2.092	0.148
	男性	G	40（26.0）	75（32.9）	2.092	0.148
	女性	A	175（67.3）	99（68.8）	0.088	0.766
	女性	G	85（32.7）	45（31.3）	0.088	0.766

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表 2 2组TMTC1基因SNP位点的基因型频率分布[n（%）]

Table 2. Genotype frequency distribution of SNP sites in two groups of TMTC1 gene [n（%）]

SNP	分层	基因型	病例组	对照组	χ²	P
rs10332	总样本	CC	101（48.8）	92（49.5）	0.224	0.885
		CT	84（40.6）	77（41.4）
		TT	22（10.6）	17（9.1）
	男性	CC	36（46.8）	59（51.8）	0.729	0.694
		CT	31（40.3）	44（38.6）
		TT	10（13.0）	11（9.6）
	女性	CC	65（50.0）	33（45.8）	0.487	0.784
		CT	53（40.8）	33（45.8）
		TT	12（9.2）	6（8.3）
rs16934358	总样本	TT	137（66.2）	122（65.6）	0.046	0.976
		TC	63（30.4）	57（30.6）
		CC	7（3.4）	7（3.8）
	男性	TT	55（71.4）	73（64.0）	2.002	0.367
		TC	18（23.4）	37（32.5）
		CC	4（5.2）	4（3.5）
	女性	TT	82（63.1）	49（68. 1）	1.389	0.499
		TC	45（34.6）	20（27.8）
		CC	3（2.3）	3（4.2）
rs2023588	总样本	TT	47（22.7）	46（24.7）	0.350	0.840
		TC	115（55.6）	98（52.7）
		CC	45（21.7）	42（22.6）
	男性	TT	20（25.9）	29（25.4）	0.860	0.649
		TC	36（46.8）	60（52.6）
		CC	21（27.3）	25（21.9）
	女性	TT	27（20.8）	17（23.6）	1.288	0.525
		TC	79（60.8）	38（52.8）
		CC	24（18.5）	17（23.6）
rs2113879	总样本	AA	74（35.7）	63（33.9）	1.336	0.512
		AG	99（47.8）	84（45.2）
		GG	34（16.4）	39（21.0）
	男性	AA	30（39.0）	41（36.0）	0.222	0.894
		AG	30（39.0）	48（42. 1）
		GG	17（22.1）	25（21.9）
	女性	AA	44（33.8）	22（30.6）	1.462	0.481
		AG	69（53.1）	36（50.0）
		GG	17（13.1）	14（ 19.4）
rs4931240	总样本	TT	117（56.5）	107（57.5）	0.376	0.828
		TC	77（37.2）	65（34.9）
		CC	13（6.3）	14（7.5）
	男性	TT	46（59.7）	66（57.9）	0.089	0.956
		TC	25（32.5）	38（33.3）
		CC	6（7.8）	10（8.8）
	女性	TT	71（54.6）	41（56.9）	0.122	0.941
		TC	52（40.0）	27（37.5）
		CC	7（5.4）	4（5.6）
rs679087	总样本	CC	124（59.9）	110（59.1）	0.261	0.877
		CA	71（34.3）	67（36.0）
		AA	12（5.8）	9（4.8）
	男性	CC	44（57. 1）	71（62.3）	0.636	0.727
		CA	30（39.0）	38（33.3）
		AA	3（3.9）	5（4.4）
	女性	CC	80（61.5）	39（54.2）	1.583	0.453
		CA	41（31.5）	29（40.3）
		AA	9（6.9）	4（5.6）
rs7503	总样本	AA	98（47.3）	87（46.8）	1.527	0.465
		GA	93（44.9）	78（41.9）
		GG	16（7.7）	21（ 11.3）
	男性	AA	43（55.8）	51（44.7）	2.295	0.317
		GA	28（36.4）	51（44.7）
		GG	6（7.8）	12（10.5）
	女性	AA	55（42.3）	36（50.0）	3.337	0.189
		GA	65（50.0）	27（37.5）
		GG	10（7.7）	9（12.5）

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表 3 不同遗传模式下2组TMTC1基因SNP位点多态性[n（%）]（1）

Table 3. SNP polymorphisms of two groups of TMTC1 gene under different genetic patterns [n（%）]（1）

SNP	分层	等位基因	病例组	对照组	OR（95% CI）	P
rs10332	共显性	C/C	101（48.8）	92（49.5）	1	0.92
		C/T	84（40.6）	77（41.4）	1.06（0.68～1.65）
		T/T	22（ 10.6）	17（9. 1）	0.91（0.44～1.90）
	显性	C/C	101（48.8）	92（49.5）	1	0.91
	显性	C/T-T/T	106（51.2）	94（50.5）	1.03（0.67～1.56）	0.91
	隐性	C/C-C/T	185（89.4）	169（90.9）	1	0.74
	隐性	T/T	22（10.6）	17（9. 1）	0.89（0.44～1.80）	0.74
	超显性	C/C-T/T	123（59.4）	109（58.6）	1	0.75
	超显性	C/T	84（40.6）	77（41.4）	1.07（0.70～1.65）	0.75
	对数加性	-	-	-	0.99（0.72～1.36）	0.95
rs16934358	共显性	T/T	137（66.2）	122（65.6）	1	0.95
		T/C	63（30.4）	57（30.6）	1.04（0.65～1.65）
		C/C	7（3.4）	7（3.8）	0.86（0.28～2.69）
	显性	T/T	137（66.2）	122（65.6）	1	0.94
	显性	T/C-C/C	70（33.8）	64（34.4）	1.02（0.65～1.59）	0.94
	隐性	T/T-T/C	200（96.6）	179（96.2）	1	0.78
	隐性	C/C	7（3.4）	7（3.8）	0.85（0.28～2.63）	0.78
	超显性	T/T-C/C	144（69.6）	129（69.3）	1	0.85
	超显性	T/C	63（30.4）	57（30.6）	1.05（0.66～1.65）	0.85
	对数加性	-	-	-	0.99（0.68～1.45）	0.98
rs2023588	共显性	T/T	47（22.7）	46（24.7）	1	0.86
		T/C	115（55.6）	98（52.7）	0.87（0.52～1.47）
		C/C	45（21.7）	42（22.6）	0.98（0.52～1.81）
	显性	T/T	47（22.7）	46 （24.7）	1	0.68
	显性	T/C-C/C	160（77.3）	140（75.3）	0.90（0.55～1.48）	0.68
	隐性	T/T-T/C	162（78.3）	144（77.4）	1	0.79
	隐性	C/C	45（21.7）	42（22.6）	1.07（0.64～1.78）	0.79
	超显性	T/T-C/C	92（44.4）	88（47.3）	1	0.57
	超显性	T/C	115（55.6）	98（52.7）	0.88（0.58～1.35）	0.57
	对数加性	-	-	-	0.99（0.72～1.34）	0.92
rs2113879	共显性	A/A	74（35.8）	63（33.9）	1	0.77
		A/G	99（47.8）	84（45.2）	1.09（0.68～1.75）
		G/G	34（16.4）	39（21.0）	1.25（0.68～2.29）
	显性	A/A	74（35.8）	63（33.9）	1	0.58
	显性	A/G-G/G	133（64.2）	123（66.1）	1.13（0.73～1.76）	0.58
	隐性	A/A-A/G	173（83.6）	147（79.0）	1	0.52
	隐性	G/G	34（16.4）	39（21.0）	1.19（0.69～2.05）	0.52
	超显性	A/A-G/G	108（52.2）	102（54.8）	1	0.98
	超显性	A/G	99（47.8）	84（45.2）	1.01（0.66～1.54）	0.98
	对数加性	-	-	-	1.11（0.83～1.50）	0.47
rs4931240	共显性	T/T	117（56.5）	107（57.5）	1	1.00
		T/C	77（37.2）	65（35.0）	0.98（0.63～1.53）
		C/C	13（6.3）	14（7.5）	1.00（0.42～2.38）
	显性	T/T	117（56.5）	107（57.5）	1	0.94
	显性	T/C-C/C	90（43.5）	79（42.5）	0.98（0.64～1.51）	0.94
	隐性	T/T-T/C	194（93.7）	172（92.5）	1	0.98
	隐性	C/C	13（6.3）	14（7.5）	1.01（0.43～2.36）	0.98
	超显性	T/T-C/C	130（62.8）	121（65.0）	1	0.93
	超显性	T/C	77（37.2）	65（35.0）	0.98（0.63～1.52）	0.93
	对数加性	-	-	-	0.99（0.71～1.39）	0.96
rs679087	共显性	C/C	124（59.9）	110（59.1）	1	0.90
		C/A	71（34.3）	67（36.0）	1.11（0.71～1.73）
		A/A	12（5.8）	9（4.8）	0.98（0.37～2.55）
	显性	C/C	124（59.9）	110（59.1）	1	0.70
	显性	C/A-A/A	83（40.1）	76（40.9）	1.09（0.71～1.67）	0.70
	隐性	C/C-C/A	195（94.2）	177（95.2）	1	0.90
	隐性	A/A	12（5.8）	9（4.8）	0.94（0.37～2.42）	0.90
	超显性	C/C-A/A	136（65.7）	119（64.0）	1	0.65
	超显性	C/A	71（34.3）	67（36.0）	1.11（0.71～1.72）	0.65
	对数加性	-	-	-	1.05（0.74～1.50）	0.79

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表 3 不同遗传模式下2组TMTC1基因SNP位点多态性[n（%）]（2）

Table 3. SNP polymorphisms of two groups of TMTC1 gene under different genetic patterns [n（%）]（2）

SNP	分层	等位基因	病例组	对照组	OR（95% CI）	P
rs7503	共显性	A/A	98（47.3）	87（46.8）	1	0.60
		G/A	93（44.9）	78（41.9）	1.06（0.68～1.65）
		G/G	16（7.7）	21（11.3）	1.47（0.69～3.15）
	显性	A/A	98（47.3）	87（46.8）	1	0.60
	显性	G/A-G/G	109（52.7）	99（53.2）	1.12（0.73～1.71）	0.60
	隐性	A/A-G/A	191（92.3）	165（88.7）	1	0.33
	隐性	G/G	16（7.7）	21（11.3）	1.44（0.69～2.98）	0.33
	超显性	A/A-G/G	114（55.1）	108（58.1）	1	0.97
	超显性	G/A	93（44.9）	78（41.9）	0.99（0.65～1.52）	0.97
	对数加性	-	-	-	1.15（0.83～1.59）	0.40

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表 4 TMTC1基因的单倍型分布情况[n（%）]

Table 4. Haplotype distribution of the TMTC1 gene [n（%）]

单倍型	等位基因构成	病例组	对照组	χ²	P	OR （95% CI）
H1	CTTGTCA	35（0.084）	33（0.088）	0.043	0.835	0.948 （0.576～ 1.560）
H2	TTCATCG	13（0.031）	13（0.034）	0.076	0.781	0.895（0.409～ 1.956）
H3	TTCATCA	61（0.147）	47（0.126）	0.728	0.393	1.194（0.793～ 1.799）
H4	CTTGTCG	37（0. 089）	37（0.099）	0.233	0.628	0.888 （0.550～ 1.434）
H5	CTTATCG	22（0.053）	22（0.059）	0.133	0.714	0.892 （0.485～ 1.640）
H6	CCCGCCA	25（0.060）	20（0.053）	0.159	0.689	1.131 （0.617～2.072）
H7	CCCGTCA	13（0.031）	12（0.032）	0.004	0.945	0.972（0.438～ 2.158）
H8	CTTACCG	15（0.036）	11（0.029）	0.271	0.602	1.233（0.559～ 2.721）

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TMTC1基因多态性与精神分裂症的关联性

doi: 10.12259/j.issn.2095-610X.S20231014

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