HOXD-AS2、MIR3142HG基因多态性与宫颈上皮内瘤变的相关性

陈雪雅; 许金美; 李智; 梁燕; 姚宇峰; 何凤权; 严志凌

doi:10.12259/j.issn.2095-610X.S20241103

HOXD-AS2、MIR3142HG基因多态性与宫颈上皮内瘤变的相关性

doi: 10.12259/j.issn.2095-610X.S20241103

陈雪雅¹,
许金美²,
李智³,
梁燕⁴,
姚宇峰¹,
何凤权^5, ,,
严志凌^{2, 3, ,}

1.
中国医学科学院 & 北京协和医学院医学生物学研究所，云南昆明　650118
2.
昆明医科大学第三附属医院妇科，云南昆明　650118
3.
元谋县第一人民医院妇产科，云南元谋　651300
4.
云南开放大学健康护理学院，云南昆明　650500
5.
红河州妇幼保健院妇产科，云南红河　661199

基金项目: 云南省基础研究计划基金资助项目（202201AY070001-139）；云南省“兴滇英才”支持计划产业创新人才基金资助项目（XDYC-CYCX-2023-0074）

详细信息

作者简介:
陈雪雅（1990～），女，山西长治人，在读硕士研究生，主要从事肿瘤的免疫遗传学工作

通讯作者:
何凤权，E-mail：569451434@qq.com

严志凌，E-mail：yanzhiling2021@126.com

中图分类号: R737.33
计量
- 文章访问数: 255
- HTML全文浏览量: 116
- PDF下载量: 14
- 被引次数: 0
出版历程
- 收稿日期: 2024-06-27
- 网络出版日期: 2024-11-06
- 刊出日期: 2024-11-25

The Association of HOXD-AS2 and MIR3142HG Gene Polymorphisms with Cervical Intraepithelial Neoplasia

Xueya CHEN¹,
Jinmei XU²,
Zhi LI³,
Yan LIANG⁴,
Yufeng YAO¹,
Fengquan HE^{5
, ,},
Zhiling YAN^{2, 3
, ,}

1.
Institute of Medical Biology，Chinese Academy of Medical Sciences & Peking Union Medical College，Kunming Yunnan 650118
2.
Dept. of Gynaecologic Oncology，The 3rd Affiliated Hospital of Kunming Medical University，Kunming Yunnan 650118
3.
Dept. of Gynecology，The 1st People’s Hospital of Yuanmou County，Yuanmou Yunnan 651300
4.
College of Nursing Health Sciences，Yunnan Open University，Kunming Yunnan 650500
5.
Dept. of Gynaecology and Obstetrics Maternal，Maternal and Child Health Hospital of Honghe Prefecture，Honghe Yunnan 661199，China

摘要

摘要: 目的探究靶向MAPK信号通路的HOXD-AS2、MIR3142HG基因多态性与宫颈上皮内瘤变（cervical intraepithelial neoplasia，CIN）的相关性。方法通过生物信息学工具筛选了2个单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）位点，分别是位于HOXD-AS2启动子区域的rs1348808及位于MIR3142HG增强子区域的rs2431099。同时纳入了976名健康对照者和419名CIN患者，使用TaqMan探针法对其进行基因分型并分析与CIN的相关性。结果 rs1348808的C等位基因可能是CIN3以及CIN2进展为CIN3的保护因素（OR = 0.77，95%CI：0.63～0.94；OR = 0.57，95%CI：0.37～0.90）；rs2431099的A等位基因可能是CIN2的保护因素（OR = 0.50，95%CI：0.31～0.80）。结论 HOXD-AS2、MIR3142HG的基因多态性可能与CIN相关。
- 宫颈上皮内瘤变 /
- 长链非编码RNA /
- 单核苷酸多态性 /
- MAPK信号通路
Abstract: Objective To explore the association of HOXD-AS2 and MIR3142HG gene polymorphism with cervical intraepithelial neoplasia （CIN）. Methods Two single nucleotide polymorphisms （SNPs） located in HOXD-AS2 （rs1348808） and located in MIR3142HG （rs2431099） were selected using bioinformatics tools. The two candidate SNPs were genotyped in 976 healthy individuals and 419 patients with CIN using the TaqMan probe method for genotyping, and the association with CIN were analyzed. Results rs1348808 C allele might be the protective factor for CIN3 as well as the progression from CIN2 to CIN3 （OR = 0.77, 95%CI: 0.63～0.94; OR = 0.57, 95%CI: 0.37～0.90）. Similarly, rs2431099 A allele might be the protective factor of CIN2 （OR = 0.50, 95%CI: 0.31～0.80）. Conclusion HOXD-AS2 and MIR3142HG gene polymorphisms might be associated with CIN.
- Cervical intraepithelial neoplasia /
- lncRNA /
- SNP /
- MAPK signaling pathway

HTML全文

图 1 RBP-lncRNA相互作用网络。

A：RBP-HOXD-AS2相互作用图；B：RBP-MIR3142HG相互作用图；C：HOXD-AS2及MIR3142HG共有的RBP。

Figure 1. RBP-lncRNA interaction network.

下载: 全尺寸图片幻灯片

表 1 所选SNP位点信息

Table 1. The information of selected SNPs in the current study

SNPs	基因	功能	位置	等位基因	中国南方汉族人群MAF
rs1348808	HOXD-AS2	启动子区域	Chr 2: 176135888	C>T	0.28
rs2431099	MIR3142HG	增强子区域	Chr 5: 160459613	A>G	0.33

下载: 导出CSV

表 2 2个SNP位点在3组中等位基因及基因型分布频率结果 [n （%）]

Table 2. Allele and genotype frequencies of two SNPs between three groups [n（%）]

SNPs	等位基因/基因型	对照组	CIN2组	CIN3组	χ²	P
rs1348808	C	529（27.1）	34（33.3）	164（22.3）	9.348	0.009^*
	T	1423（72.9）	68（66.7）	572（77.7）
	C/C	78（8.0）	3（5.9）	22（6.0）	13.525	0.009^*
	C/T	373（38.2）	28（54.9）	120（32.6）
	T/T	525（53.8）	20（39.2）	226（61.4）
rs2431099	A	720（36.9）	23（22.5）	254（34.5）	9.327	0.009^*
	G	1232（63.1）	79（77.5）	482（65.5）
	A/A	136（13.9）	6（11.8）	36（9.8）	19.513	0.001^*
	A/G	448（45.9）	11（21.5）	182（49.4）
	G/G	392（40.2）	34（66.7）	150（40.8）
^*P < 0.016（经Bonferroni校正，n = 3）。

下载: 导出CSV

表 3 rs1348808位点遗传模式分析

Table 3. The inheritance model analysis of rs1348808

模型		CIN3 vs 对照组				CIN3 vs CIN2
模型		OR （95%CI）	P	AIC	BIC	OR （95%CI）	P	AIC	BIC
共显性	T/T	1.00	0.037	1577.3	1592.9	1.00	0.008	306.6	318.7
	C/T	0.75（0.58～0.97）				2.63（1.43～4.76）
	C/C	0.65（0.40～1.08）				1.54（0.42～5.56）
显性	T/T	1.00	0.012	1575.5	1586.0	1.00	0.003	305.4	313.5
	C/T-C/C	0.73（0.57～0.93）				2.44（1.35～4.55）
隐性	T/T-C/T	1.00	0.200	1580.2	1590.7	1.00	0.980	314.3	322.4
	C/C	0.73（0.45～1.19）				0.98（0.28～3.45）
超显性	T/T-C/C	1.00	0.056	1578.2	1588.6	1.00	0.002^*	305.0	313.1
	C/T	0.78（0.61～1.01）				2.50（1.39～4.55）
逻辑累加	---	0.78（0.64～0.95）	0.012^*	1575.5	1585.9	1.72（1.11～2.70）	0.018	308.8	316.9
^*P < 0.05；且AIC和BIC值最小，为分组比较中的最优遗传模式。

下载: 导出CSV

表 4 rs2431099位点在CIN2组和对照组的比较中遗传模式分析

Table 4. The inheritance model analysis of rs2431099 between the CIN2 and control groups

模型		OR （95%CI）	P	AIC	BIC
共显性	G/G	1	5.00×10⁻⁴	396.7	411.5
	A/G	0.28（0.14～0.56）
	A/A	0.51（0.21～1.23）
显性	G/G	1	2.00×10^−4*	395.9	405.7
	A/G-A/A	0.34（0.18～0.61）
隐性	G/G-A/G	1	0.66	409.5	419.4
	A/A	0.83（0.34～1.96）
超显性	G/G-A/A	1	4.00×10⁻⁴	397.2	407.1
	A/G	0.32（0.16～0.64）
逻辑累加	---	0.51（0.32～0.81）	0.003	400.7	410.6
^*P < 0.05；且AIC和BIC值最小，为分组比较中的最优遗传模式。

下载: 导出CSV

参考文献(23)

[1]	Arbyn M,Ronco G,Anttila A,et al. Evidence regarding human papillomavirus testing in secondary prevention of cervical cancer[J]. Vaccine,2012,30(Suppl 5):F88-F99.
[2]	赵超,毕蕙,赵昀,等. 子宫颈高级别上皮内病变管理的中国专家共识[J]. 中国妇产科临床杂志,2022,23(2):220-224.
[3]	Mccredie M R,Sharples K J,Paul C,et al. Natural history of cervical neoplasia and risk of invasive cancer in women with cervical intraepithelial neoplasia 3: A retrospective cohort study[J]. Lancet Oncol,2008,9(5):425-434. doi: 10.1016/S1470-2045(08)70103-7
[4]	Zheng R,Zhang S,Zeng H,et al. Cancer incidence and mortality in China,2016[J]. Journal of the National Cancer Center,2022,2(1):1-9. doi: 10.1016/j.jncc.2022.02.002
[5]	Kawase K,Taguchi A,Ishizaka A,et al. Allelic loss of HLA class I facilitates evasion from immune surveillance in cervical intraepithelial neoplasia[J]. HLA,2024,103(6):e15509. doi: 10.1111/tan.15509
[6]	Hangauer M J,Vaughn I W,Mcmanus M T. Pervasive transcription of the human genome produces thousands of previously unidentified long intergenic noncoding RNAs[J]. PLoS Genet,2013,9(6):e1003569. doi: 10.1371/journal.pgen.1003569
[7]	Kaewsapsak P,Shechner D M,Mallard W,et al. Live-cell mapping of organelle-associated RNAs via proximity biotinylation combined with protein-RNA crosslinking[J]. Elife,2017,6(1):e29224.
[8]	Melé M,RInn J L. "Cat's cradling" the 3D genome by the act of lncRNA transcription[J]. Mol Cell,2016,62(5):657-664. doi: 10.1016/j.molcel.2016.05.011
[9]	Lee S,Kopp F,Chang T C,et al. Noncoding RNA NORAD regulates genomic stability by sequestering PUMILIO proteins[J]. Cell,2016,164(1-2):69-80. doi: 10.1016/j.cell.2015.12.017
[10]	Benoit bouvrette L P,Cody N A L,Bergalet J,et al. CeFra-seq reveals broad asymmetric mRNA and noncoding RNA distribution profiles in Drosophila and human cells[J]. RNA,2018,24(1):98-113. doi: 10.1261/rna.063172.117
[11]	Dai J,Zhang S,Shi Y,et al. rs217727 of lncRNA H19 is associated with cervical cancer risk in the Chinese Han population[J]. Pharmgenomics Pers Med,2023,16(1):933-948.
[12]	Liu Y,Zhang Q,Ni R. Association between genetic variants (rs920778,rs4759314,and rs217727) in LncRNAs and cervical cancer susceptibility in Chinese population: A systematic review and meta-analysis[J]. Front Genet,2022,13(1):988207.
[13]	中华医学会. 临床诊疗指南: 妇产科学分册 [M]. 北京: 人民卫生出版社,2007: 65-67.
[14]	Yang J,Yan Z,Wang Y,et al. Association study of relationships of polymorphisms in the miR-21,miR-26b,miR-221/222 and miR-126 genes with cervical intraepithelial neoplasia and cervical cancer[J]. BMC Cancer,2021,21(1):997. doi: 10.1186/s12885-021-08743-2
[15]	Shi Y Y,He L. SHEsis,a powerful software platform for analyses of linkage disequilibrium,haplotype construction,and genetic association at polymorphism loci[J]. Cell Res,2005,15(2):97-98. doi: 10.1038/sj.cr.7290272
[16]	Solé X,Guinó E,Valls J,et al. SNPStats: A web tool for the analysis of association studies[J]. Bioinformatics,2006,22(15):1928-1929. doi: 10.1093/bioinformatics/btl268
[17]	Qi Y,Wang Z,Wu F,et al. Long noncoding RNA HOXD-AS2 regulates cell cycle to promote glioma progression[J]. J Cell Biochem,2019,120(5):8343-8351. doi: 10.1002/jcb.28117
[18]	Zhang Y,Ma H. LncRNA HOXD-AS2 regulates miR-3681-5p/DCP1A axis to promote the progression of non-small cell lung cancer[J]. J Thorac Dis,2023,15(3):1289-1301. doi: 10.21037/jtd-23-153
[19]	Paterson M R,Kriegel A J. MiR-146a/b: A family with shared seeds and different roots[J]. Physiol Genomics,2017,49(4):243-252. doi: 10.1152/physiolgenomics.00133.2016
[20]	Guo X,Zhang M,Li Q,et al. Evaluation of genetic variants in MIR3142HG in susceptibility to and prognosis of glioma[J]. Am J Clin Oncol,2020,43(1):1-8. doi: 10.1097/COC.0000000000000587
[21]	Chen Y,Zhao Y,Lu R,et al. Identification and validation of a novel genomic instability-associated long non-coding RNA prognostic signature in head and neck squamous cell carcinoma[J]. Front Cell Dev Biol,2021,9(1):787766.
[22]	Järvelin A I,Noerenberg M,Davis I,et al. The new (dis)order in RNA regulation[J]. Cell Commun Signal,2016,14(1):9. doi: 10.1186/s12964-016-0132-3
[23]	Hentze M W,Castello A,Schwarzl T,et al. A brave new world of RNA-binding proteins[J]. Nat Rev Mol Cell Biol,2018,19(5):327-341. doi: 10.1038/nrm.2017.130

相关文章(20)

[1]	谢飞飞, 辛隐子, 徐敏, 李景涵, 王伟. 长链非编码RNA在软骨发育及骨关节炎中作用机制的研究进展, 昆明医科大学学报. doi: 10.12259/j.issn.2095-610X.S20241001
[2]	洪超, 向旭东, 李盈甫, 曹杨, 陈雪雅, 李帅, 邢安灏, 林牧, 马千里. ERK1/2信号通路基因3'UTR多态性与非小细胞肺癌的相关性, 昆明医科大学学报. doi: 10.12259/j.issn.2095-610X.S20240302
[3]	郭妮, 张承, 洪超, 刘伟鹏, 姚宇峰, 严志凌. KRAS基因3′UTR多态性与云南汉族人群宫颈癌及宫颈上皮内瘤变的相关性, 昆明医科大学学报. doi: 10.12259/j.issn.2095-610X.S20240203
[4]	师雨晗, 柴江红, 许金美, 林牧, 姚宇峰, 何凤权, 严志凌. miR-146a基因多态性与宫颈上皮内瘤变的相关性, 昆明医科大学学报.
[5]	牛志鑫, 汤丽华, 史磊, 洪超, 姚宇峰, 严志凌. MAPK1与NRAS基因多态性与云南汉族人群宫颈上皮内瘤变的相关性, 昆明医科大学学报. doi: 10.12259/j.issn.2095-610X.S20240502
[6]	伍蓉霜, 彭江丽, 陈永刚, 陈洁, 马国伟, 李先蕊, 李谢, 余春红. SLC2A9基因单核苷酸多态性与吡嗪酰胺致高尿酸血症易感性关系, 昆明医科大学学报. doi: 10.12259/j.issn.2095-610X.S20230409
[7]	李抒瑾, 杨艳飞, 苏敏, 凌昱, 饶艳琼, 崔继华. 儿童注意缺陷多动障碍共病情绪问题的单核苷酸多态性研究, 昆明医科大学学报. doi: 10.12259/j.issn.2095-610X.S20230420
[8]	顾君, 何泽喜, 栾婷, 王海峰, 王剑松, 丁明霞. 外泌体长链非编码RNA在膀胱癌中的研究进展, 昆明医科大学学报. doi: 10.12259/j.issn.2095-610X.S20220110
[9]	郭方圆, 李文亮, 徐凡, 魏向群. 非编码RNA 在宫颈癌组织中的表达及临床意义, 昆明医科大学学报. doi: 10.12259/j.issn.2095-610X.S20220527
[10]	李东云, 冮顺奎, 李捷, 张明星, 李雷. ABCG2、SLC2A9、SLC17A3和 PRKG2基因单核苷酸位点多态性与哈尼族人群痛风的关系, 昆明医科大学学报. doi: 10.12259/j.issn.2095-610X.S20210320
[11]	谭丁及, 尹洪莉, 朱锐, 张曦, 余鑫, 飞勇, 李昕, 段铭, 何亮, 杨宏英. 宫颈上皮内瘤变和宫颈癌患者的阴道微生态特点, 昆明医科大学学报. doi: 10.12259/j.issn.2095-610X.S20210821
[12]	张腾飞, 何越峰, 张磊, 张莉, 杨凯云, 刘莲清, 谭慧. 长链非编码RNA APTR、HEIH、FAS-ASA1、FAM83H-AS1、DICER1-AS1、PR-lncRNA在肺癌中的表达, 昆明医科大学学报. doi: 10.12259/j.issn.2095-610X.S20210409
[13]	朱胜章. 宫颈液基细胞学检查在贵州黔南地区宫颈癌筛查中的临床运用, 昆明医科大学学报.
[14]	洪超. CDH13 基因变异与非小细胞肺癌的相关性, 昆明医科大学学报.
[15]	李轶梅. 宫颈环行电刀切除术治疗宫颈上皮内瘤变的临床价值, 昆明医科大学学报.
[16]	向茜. 维生素D受体基因FokI位点单核苷酸多态性与糖尿病肾病的相关性, 昆明医科大学学报.
[17]	刘丽丽. 染色体9p21单核苷酸多态性与冠心病/心肌梗死相关性的研究进展, 昆明医科大学学报.
[18]	杨小蕾. STAT4基因单核苷酸多态性与云南汉族人群SLE发病的相关性研究, 昆明医科大学学报.
[19]	杨志玲. 600例不同程度宫颈糜烂患者人乳头瘤病毒感染状况分析, 昆明医科大学学报.
[20]	黄雅. Brn-3a、PPAR-γ在宫颈癌及癌前病变中的表达, 昆明医科大学学报.