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KRAS基因多态性与云南汉族人群非小细胞肺癌的相关性分析

梁燕 王磊 雷鸣 陈本超 孙萍 李帅 刘莉 王倩蓉 廖曼霖 马千里

梁燕, 王磊, 雷鸣, 陈本超, 孙萍, 李帅, 刘莉, 王倩蓉, 廖曼霖, 马千里. KRAS基因多态性与云南汉族人群非小细胞肺癌的相关性分析[J]. 昆明医科大学学报, 2023, 44(2): 52-60. doi: 10.12259/j.issn.2095-610X.S20230210
引用本文: 梁燕, 王磊, 雷鸣, 陈本超, 孙萍, 李帅, 刘莉, 王倩蓉, 廖曼霖, 马千里. KRAS基因多态性与云南汉族人群非小细胞肺癌的相关性分析[J]. 昆明医科大学学报, 2023, 44(2): 52-60. doi: 10.12259/j.issn.2095-610X.S20230210
Yan LIANG, Lei WANG, Ming LEI, Benchao CHEN, Ping SUN, Shuai LI, Li LIU, Qianrong WANG, Manlin LIAO, Qianli MA. Correlation between KRAS Gene Polymorphism and Non-small Cell Lung Cancer in Yunnan Han Population[J]. Journal of Kunming Medical University, 2023, 44(2): 52-60. doi: 10.12259/j.issn.2095-610X.S20230210
Citation: Yan LIANG, Lei WANG, Ming LEI, Benchao CHEN, Ping SUN, Shuai LI, Li LIU, Qianrong WANG, Manlin LIAO, Qianli MA. Correlation between KRAS Gene Polymorphism and Non-small Cell Lung Cancer in Yunnan Han Population[J]. Journal of Kunming Medical University, 2023, 44(2): 52-60. doi: 10.12259/j.issn.2095-610X.S20230210

KRAS基因多态性与云南汉族人群非小细胞肺癌的相关性分析

doi: 10.12259/j.issn.2095-610X.S20230210
基金项目: 云南省科技厅-昆明医科大学应用基础研究联合专项基金资助项目(202201AY070001-141);云南省教育厅科学研究基金资助项目(2022J0602)
详细信息
    作者简介:

    梁燕(1975~),女,云南昭通人,理学博士,副研究员,主要从事遗传免疫学研究工作

    通讯作者:

    马千里,E-mail:maqianli78@126.com

  • 中图分类号: R737.33

Correlation between KRAS Gene Polymorphism and Non-small Cell Lung Cancer in Yunnan Han Population

  • 摘要:   目的   探讨KRAS基因多态性与云南汉族人群非小细胞肺癌发生发展及病理类型的相关性。  方法   选取455例非小细胞肺癌患者,391例健康对照作为研究对象。采用Taqman探针基因分型法对KRAS基因3’UTR区域3个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点rs12587(G > T) 、rs12245(A > C)、 rs1137282(A > G)进行基因分型。根据分型结果,分析等位基因、基因型及单倍型与非小细胞肺癌发生、病理类型(鳞癌、腺癌)和临床分期(I+II期、III+IV期)的相关性。  结果   rs12587(G > T)位点等位基因G在非小细胞肺癌组的分布频率显著高于对照组(P = 0.008,OR = 1.365,95%CI 1.086~1.716);在显性模式下携带T等位基因的个体(G/T+T/T)患非小细胞肺癌的风险显著降低(P = 0.011,OR = 0.70 ,95%CI 0.53~0.92)。病例分层分析发现,鳞癌组与对照组的rs12587(G > T)位点等位基因和基因型频率,差异有统计学意义(P < 0.001、P = 0.001);在显性模式下携带T等位基因的个体(G/T+T/T)患肺鳞癌的风险显著降低(P < 0.001,OR = 0.45 ,95%CI 0.30~0.68)。非小细胞肺癌病例组与对照组rs12245(A > C)位点等位基因分布频率及基因型,差异无统计学意义(P > 0.05);在显性模式下携带A等位基因的个体(A/T+A/A)患非小细胞肺癌的风险显著降低(P = 0.028,OR = 0.73 ,95%CI 0.55~0.97)。病例分层分析发现鳞癌组与对照组的rs12245(A > C)位点等位基因和基因型频率,差异有统计学意义(P = 0.003、P = 0.001);在超显性模式下,基因型为A/T的个体患肺鳞癌的风险显著降低(P<0.001,OR = 0.43 ,95%CI 0.28~0.67)。  结论  KRAS基因3’UTR区域SNP位点rs12587(G > T)等位基因G可能是云南汉族人群非小细胞肺癌及鳞癌发生的风险因素。SNP位点rs12245(A > C)等位基因A可能是云南汉族人群非小细胞肺癌发生的保护性因素。
  • 表  1  病例的临床特征(n)

    Table  1.   The clinical characteristics of the subjects enrolled in this study (n)

    人数/病理分型/
    临床分期
    非小细胞肺癌对照t/χ2P
    人数 455 391
    年龄(岁) 55.84 ± 10.53 54.58 ± 9.92 −1.781 0.075
    性别(男/女) 314/141 245/146 3.784 0.052
    病理分型
     鳞癌(SCC) 164
     腺癌(AC) 265
     鳞癌合并腺癌 8
     其他类型 18
    临床分期
     I 期+ II期 148
     III期 + IV期 307
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    表  2  KRAS基因SNP位点等位基因和基因型在NSCLC和对照组的分布频率[n(%)]

    Table  2.   The allelic and genotypic frequencies of SNPs in KRAS gene between NSCLC case and control groups [n(%)]

    SNPs等位基因/ 基因型对照组非小细胞癌组OR(95%CIP
    rs12587 G 583(74.6) 728(80.0) 1.37(1.09~1.72) 0.008*
    T 199(25.4) 182(20.0)
    G/G 223(57.0) 298(65.6) 0.035*
    G/T 137(35.0) 132(29.0)
    T/T 31(7.9) 25(5.5)
    rs12245 T 595(76.1) 727(79.9) 0.80 (0.64~1.01) 0.059
    A 187(23.9) 183(20.1)
    T/T 227(58.1) 297(65.3) 0.088
    T/A 141(36.1) 133(29.2)
    A/A 23(5.9) 25(5.5)
    rs1137282 A 712(91.0) 838(92.1) 1.14 (0.81~1.61) 0.442
    G 70(9.0) 72(7.9)
    A/A 323(82.6) 387(85.1) 0.442
    A/G 66(16.9) 64(14.1)
    G/G 2(0.5) 4(0.9)
      *P < 0.05。
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    表  3  KRAS基因3个SNP位点与NSCLC相关性的遗传模式分析[n(%)]

    Table  3.   The inheritance analysis of three SNPs between NSCLC and control groups [n(%)]

    SNPs遗传模式基因型对照组NSCLCOR (95%CIPAICBIC
    rs12587 共显性模式 G/G 223 (57.0) 298 (65.5) 1 0.034* 1165.1 1188.8
    G/T 137 (35.0) 132 (29.0) 0.71 (0.53~0.96)
    T/T 31 (7.9.0) 25 (5.5) 0.61 (0.35~1.07)
    显性模式 G/G 223 (57.0) 298 (65.5) 1 0.011* 1163.4 1182.3
    G/T-T/T 168 (43.0) 157 (34.5) 0.70 (0.53~0.92)
    隐性模式 G/G-G/T 360 (92.1) 430 (94.5) 1 0.180 1168 1187
    T/T 31 (7.9) 25 (5.5%) 0.69 (0.40~1.19)
    超显性模式 G/G-T/T 254 (65.0) 323 (71.0) 1 0.052 1166.1 1185
    G/T 137 (35.0) 132 (29.0) 0.75 (0.56~1.00)
    逻辑累加模式 --- --- --- 0.75 (0.60~0.94) 0.011* 1163.3 1182.3
    rs12245 共显性模式 T/T 227 (58.1) 297 (65.3) 1 0.080 1166.8 1190.5
    A/T 141 (36.1) 133 (29.2) 0.72 (0.53~0.96)
    A/A 23 (5.9) 25 (5.5) 0.82 (0.45~1.49)
    显性模式 T/T 227 (58.1) 297 (65.3) 1 0.028* 1165 1184
    A/T-A/A 164 (41.9) 158 (34.7) 0.73 (0.55~0.97)
    隐性模式 T/T-A/T 368 (94.1) 430 (94.5) 1 0.790 1169.8 1188.7
    A/A 23 (5.9) 25 (5.5) 0.92 (0.51~1.66)
    超显性模式 T/T-A/A 250 (63.9) 322 (70.8) 1 0.031* 1165.2 1184.2
    A/T 141 (36.1) 133 (29.2) 0.73 (0.54~0.97)
    逻辑累加模式 --- --- --- 0.80 (0.64~1.01) 0.059 1166.3 1185.3
    rs1137282 共显性模式 A/A 323 (82.6) 387 (85) 1 0.460 1170.3 1194
    A/G 66 (16.9) 64 (14.1) 0.81 (0.55~1.17)
    G/G 2 (0.5) 4 (0.9) 1.53 (0.28~8.45)
    显性模式 A/A 323 (82.6) 387 (85.0) 1 0.320 1168.9 1187.8
    A/G-G/G 68 (17.4) 68 (14.9) 0.83 (0.57~1.20)
    隐性模式 A/A-A/G 389 (99.5) 451 (99.1) 1 0.590 1169.6 1188.5
    G/G 2 (0.5) 4 (0.9) 1.58 (0.29~8.73)
    超显性模式 A/A-G/G 325 (83.1) 391 (85.9) 1 0.250 1168.6 1187.5
    A/G 66 (16.9) 64 (14.1) 0.80 (0.55~1.17)
    逻辑累加模式 --- --- --- 0.87 (0.61~1.22) 0.410 1169.2 1188.1
      *P < 0.05。
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    表  4  NSCLC组和对照组的单倍型分布差异[n(%)]

    Table  4.   The haplotype analysis between CC and control group [n(%)]

    单倍型对照组NSCLCOR(95%CIP
    G-T-A 578.48(74.0) 720.12(79.1) 1.272(1.009~1.604) 0.041*
    T-A-A 119.49(15.3) 116.88(12.8) 0.803(0.610~1.058) 0.119
    T-A-G 66.49(8.5) 65.12(7.2) 0.817(0.572~1.166) 0.265
      *P < 0.05。
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    表  5  KRAS基因中SNP位点的等位基因和基因型在鳞癌病例组、腺癌病例组和对照组的分布频率[n(%)]

    Table  5.   The allelic and genotypic frequencies of SNPs in KRAS gene between SCC,AC and control groups [n(%)]

    SNPs等位基因/
    基因型
    对照组鳞癌组腺癌组鳞癌组vs对照组腺癌组vs对照组
    OR(95%CIPOR(95%CIP
    rs12587 G 583(74.6) 276(84.1) 410(77.4) 0.55(0.39-0.77) <0.001* 1.17 (0.90~1.51) 0.245
    T 199(25.4) 52(15.9) 120(22.6)
    G/G 223(57.0) 121(73.8) 160(60.4) 0.001* 0.865
    G/T 137(35.0) 34(20.7) 90(34.0)
    T/T 31(7.9) 9(5.5) 15(5.7)
    rs12245 T 595(76.1) 276(84.1) 409(77.2) 0.60 (0.43~0.84) 0.003* 1.06 (0.82~1.38) 0.650
    A 187(23.9) 52(15.9) 121(22.8)
    T/T 227(58.1) 121(73.8) 159(60.0) 0.001* 0.884
    T/A 141(36.1) 34(20.7) 91(34.3)
    A/A 23(5.9) 9(5.5) 15(5.7)
    rs1137282 A 712(91.0) 304(92.7) 484(91.3) 0.80 [0.50-130] 0.372 1.03(0.70~1.53) 0.865
    G 70(9.0) 24(7.3) 46(8.7)
    A/A 323(82.6) 142(86.6) 221(83.4) 0.265 0.875
    A/G 66(16.9) 20 (12.2) 42 (15.8)
    G/G 2(0.5) 2 (1.2) 2 (0.8)
      *P < 0.05。
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    表  6  SNP位点在NSCLC不同病理类型与对照组的遗传模式分析[n(%)]

    Table  6.   The inheritance analysis of the SNP sites between SCC,AC group and control group [n(%)]

    SNPs遗传模式基因型对照组[n(%)]鳞癌组[n(%)]腺癌组[n(%)]鳞癌组vs对照组腺癌组vs对照组
    OR (95%CI)PAICBICOR (95%CI)PAICBIC
    rs12587 共显性
    模式
    G/G 223 (57.0) 121 (73.8) 160 (60.4) 1 < 0.001* 631.9
    653.5
    1 0.4
    891.6
    914
    G/T 137 (35.0) 34 (20.7) 90 (34.0) 0.42 (0.27~0.66) 0.91 (0.65~1.28)
    T/T 31 (7.9) 9 (5.5) 15 (5.7) 0.59 (0.26~1.31) 0.65 (0.34~1.25)
    显性模式 G/G 223 (57.0) 121 (73.8) 160 (60.4) 1 < 0.001* 630.5
    647.8
    1 0.36
    890.6
    908.5
    G/T-T/T 168 (43.0) 43 (26.2) 105 (39.6) 0.45 (0.30~0.68) 0.86 (0.63~1.19)
    隐性模式 G/G-G/T 360 (92.1) 155 (94.5) 250 (94.3) 1 0.49
    645.5
    662.7
    1 0.22
    889.9
    907.8
    T/T 31 (7.9) 9 (5.5) 15 (5.7) 0.76 (0.35~1.68) 0.67 (0.35~1.28)
    超显性
    模式
    G/G-T/T 254 (65.0) 130 (79.3) 175 (66.0) 1 < 0.001* 631.7
    649
    1 0.78
    891.3
    909.3
    G/T 137 (35.0) 34 (20.7) 90 (34.0) 0.44 (0.28~0.68) 0.95 (0.69~1.33)
    逻辑累加
    模式
    --- --- --- --- 0.57 (0.41~0.80) < 0.001* 634.3 651.6 0.85 (0.66~1.10) 0.22 889.9 907.9
    rs12245 共显性
    模式
    T/T 227 (58.1) 121 (73.8) 159 (60.0) 1 < 0.001* 632.3
    653.9
    1 0.86 893.1 915.6
    A/T 141 (36.1) 34 (20.7) 91 (34.3) 0.42 (0.27~0.66) 0.92 (0.66~1.28)
    A/A 23 (5.9) 9 (5.5) 15 (5.7) 0.71 (0.31~1.62) 0.91 (0.46~1.80)
    显性模式 T/T 227 (58.1) 121 (73.8) 159 (60.0) 1 < 0.001* 631.6
    648.9
    1 0.59 891.1 909.1
    A/T-A/A 164 (41.9) 43 (26.2) 106 (40.0) 0.46 (0.30~0.69) 0.92 (0.67~1.26)
    隐性模式 T/T-A/T 368 (94.1) 155 (94.5) 250 (94.3) 1 0.84
    645.9
    663.2
    1 0.85 891.4 909.3
    A/A 23 (5.9) 9 (5.5) 15 (5.7) 0.92 (0.41~2.08) 0.94 (0.48~1.84)
    超显性
    模式
    T/T-A/A 250 (63.9) 130 (79.3) 174 (65.7) 1 < 0.001* 631
    648.3
    1 0.64 891.2 909.2
    A/T 141 (36.1) 34 (20.7) 91 (34.3) 0.43 (0.28~0.67) 0.93 (0.67~1.28)
    逻辑累加
    模式
    --- --- --- --- 0.59 (0.42~0.83) 0.0016 636 653.2 0.93 (0.72~1.21) 0.61 891.2 909.1
    rs1137282 共显性
    模式
    A/A 323 (82.6) 142 (86.6) 221 (83.4) 1 0.24
    645
    666.6
    1 0.86
    893.1
    915.5
    A/G 66 (16.9) 20 (12.2) 42 (15.8) 0.65 (0.37~1.13) 0.93 (0.61~1.42)
    G/G 2 (0.5) 2 (1.2) 2 (0.8) 1.78 (0.25~12.88) 1.54 (0.21~11.11)
    显性模式 A/A 323 (82.6) 142 (86.6) 221 (83.4) 1 0.16
    644
    661.2
    1 0.8
    891.4
    909.3
    A/G-G/G 68 (17.4) 22 (13.4) 44 (16.6) 0.69 (0.40~1.17) 0.95 (0.62~1.44)
    隐性模式 A/A-A/G 389 (99.5) 162 (98.8) 263 (99.2) 1 0.53
    645.5
    662.8
    1 0.66
    891.2
    909.2
    G/G 2 (0.5) 2 (1.2) 2 (0.8) 1.91 (0.26~13.78) 1.56 (0.22~11.23)
    超显性模式 A/A-G/G 325 (83.1) 144 (87.8) 223 (84.2) 1 0.11
    643.4
    660.6
    1 0.72
    891.3
    909.2
    A/G 66 (16.9) 20 (12.2) 42 (15.8) 0.64 (0.37~1.12) 0.93 (0.61~1.42)
    逻辑累加
    模式
    --- --- --- --- 0.75 (0.46~1.23) 0.25 644.6 661.9 0.97 (0.65~1.44) 0.88 891.4 909.3
      *P < 0.05。
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出版历程
  • 收稿日期:  2022-12-22
  • 网络出版日期:  2023-01-31
  • 刊出日期:  2023-02-25

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