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鼻咽癌同期放化疗抵抗细胞株与母细胞株lncRNA的差异表达谱分析

刘秋燕 熊伟 李程

刘秋燕, 熊伟, 李程. 鼻咽癌同期放化疗抵抗细胞株与母细胞株lncRNA的差异表达谱分析[J]. 昆明医科大学学报, 2022, 43(11): 77-84. doi: 10.12259/j.issn.2095-610X.S20221108
引用本文: 刘秋燕, 熊伟, 李程. 鼻咽癌同期放化疗抵抗细胞株与母细胞株lncRNA的差异表达谱分析[J]. 昆明医科大学学报, 2022, 43(11): 77-84. doi: 10.12259/j.issn.2095-610X.S20221108
Yingjie YAO, Maohua QIN, Yunyan CHEN, Rongfang HUANG, Yunjie YANG, Nana LU, Haiqing WANG. Analysis of Risk Factors Related to Female Infertility and Countermeasures[J]. Journal of Kunming Medical University, 2024, 45(9): 103-109. doi: 10.12259/j.issn.2095-610X.S20240916
Citation: Qiuyan LIU, Wei XIONG, Cheng LI. Study on Differential Expression Profile of lncRNA between Concurrent Chemoradioresistant Nasopharyngeal Carcinoma Cell Lines and Parental Cell Lines[J]. Journal of Kunming Medical University, 2022, 43(11): 77-84. doi: 10.12259/j.issn.2095-610X.S20221108

鼻咽癌同期放化疗抵抗细胞株与母细胞株lncRNA的差异表达谱分析

doi: 10.12259/j.issn.2095-610X.S20221108
基金项目: 云南省卫生科技计划基金资助项目(2018NS0066);云南省教育厅科学研究基金资助项目(2018JS222)
详细信息
    作者简介:

    刘秋燕(1990~),女,重庆梁平人,医学硕士,住院医师,主要从事肿瘤学相关工作

    通讯作者:

    熊伟,E-mail:panda_wei_wei@163.com

  • 中图分类号: R73-3

Study on Differential Expression Profile of lncRNA between Concurrent Chemoradioresistant Nasopharyngeal Carcinoma Cell Lines and Parental Cell Lines

  • 摘要:   目的  分析鼻咽癌同期放化疗抵抗细胞株与亲本细胞株间差异表达的长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA),探索lncRNA在鼻咽癌同期放化疗抵抗中可能发挥的作用。  方法  体外构建鼻咽癌CEN1和CNE2细胞同期放化疗抵抗模型,诱导鼻咽癌细胞同期放化疗抵抗细胞株CEN1CRR和CNE2CRR,应用高通量测序筛选2组细胞株间差异表达的lncRNAs,对差异表达的lncRNAs的靶基因进行GO和KEGG分析。  结果  以Log2FC > 1或 < -1,FDR < 0.05为差异表达标准,和CNE1相比,CNE1CRR差异表达的lncRNAs2746个(358个上调,2063 个下调);和CNE2相比,CNE2CRR差异表达的lncRNAs3475个(265个上调,520个下调);此外,387个lncRNAs在CNE1CRR和CNE2CRR中表达同时下调,49个lncRNAs在CNE1CRR和CNE2CRR中同时上调。在GO分析中发现,2组细胞中差异表达lncRNAs的靶基因在生物过程(biological process,BP)、分子功能(molecular function,MF)、细胞成分(cellular component,CC)等方面均有参与。在KEGG分析结果中发现,CNE1组细胞中,差异lncRNAs的靶基因主要富集的信号通路有细胞凋亡、病毒致癌、代谢途径等。CNE2组细胞中,差异lncRNAs的靶基因主要富集的信号通路有代谢途径(硫辛酸、磷酸戊糖、花生四烯酸、醚脂质)、T细胞受体信号通路、核苷酸切除修复等(P < 0.05)。  结论  同期放化疗抵抗细胞株与亲本细胞株的lncRNA表达谱存在明显差异,这些差异表达的lncRNA可能参与了鼻咽癌的同期放化疗抵抗,并为其机制研究奠定基础。
  • 我国生育政策的逐步放宽,包括二胎、三胎相关政策的颁布,旨在缓解我国老龄化趋势、维护我国人力资源的优势等。在这一背景下,关注儿童的安全问题变得至关重要,特别是对于小儿烧伤这一常见的儿童意外事故的预防。小儿烧伤的发生频率相对较高,主要是由于患儿生理发育快于心理、危险认知度低等特点所导致。烧烫伤引起的瘢痕不仅显著影响患儿的生活质量,还会给家庭带来沉重的经济负担。本文所属于云南省烧伤研究所,每年收治的大量小儿烧伤的患者,笔者对2018年1月1日至2022年12月31日期间因烧烫伤而住院的小儿患者进行回顾性分析,通过对患者年龄、性别、烧伤发生时间、烧伤类型、家庭居住地等特征的数据分析,旨在揭示小儿烧伤的特点,为制定科学有效的小儿烧伤治疗方式、预防措施提供指导。这项研究的目的在于深入了解小儿烧伤的发生情况,以期为减少其发生提供有针对性的建议,保障儿童健康成长。

    笔者单位昆明医科大学第二附属医院烧伤科自2018年1月至2022年12月共收治烧伤患者共5 501例,其中小儿烧伤患者共1 500例,占入院总烧伤患者人数27.27%,其中男983例,女517例,男女比例为1.9∶1,纳入标准[1]:(1)年龄0~12岁;(2)入院诊断包括火焰烧伤、热液烫伤、电击伤、高温金属灼伤、酸碱腐蚀伤、爆炸伤、冻伤等温度相关伤害;(3)病例关键数据完整。

    排除标准:(1)病例关键数据缺失、信息不全;(2)入院诊断为慢性创面、瘢痕、整形患者。

    1.2.1   小儿年龄的细分标准[1]

    (1)胎儿期:是指受精卵形成到胎儿娩出之前;(2)新生儿期:指胎儿从脐带结扎到出生后28 d之内;(3)婴儿期:指刚满月到1岁的孩子。(4)幼儿期:指1~3岁的孩子,年龄∈[1,3);(5)学龄前期:指3岁到上学之前,年龄∈[3,6);(6)学龄期:一般是6~12岁,年龄∈[6,12]。

    1.2.2   小儿烧伤严重程度分度[1]

    小儿烧伤严重度分度见表1图1

    表  1  小儿烧伤严重程度分类标准[1]
    Table  1.  Classification Criteria for Severity of Pediatric Burns
    严重程度表现
    轻度I 度和 II 度烧伤总面积< 5% 。
    中度烧伤总面积5% ~ 15%或III度烧伤面积<5%。
    重度烧伤总面积16% ~ 25%III度烧伤面积为 5% ~ 10% 。
    另有下列情形之一者,虽然烧伤总面积< 15%,也视为重度;
    ①伴有眼烧伤、面颈部烧伤、手烧伤、会阴部烧伤或吸入性烧伤者;
    ②全身情况严重,有并发症或休克者;
    ③有严重创伤或合并化学药物中毒者;
    ④婴儿头面部烧伤面积>5% 者。
    特重度烧伤总面积>25%或III度烧伤面积>10%。
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    图  1  小儿烧伤严重程度
    Figure  1.  Severity of Pediatric Burns

    通过查阅笔者单位昆明医科大学第二附属医院病例系统、烧伤科病例登记表,筛选出满足入选条件的患者信息,采集患者性别、年龄、入院时间、烧伤程度、烧伤类型、烧伤面积、烧伤部位、家庭住址、治疗转归等情况,汇总后用Excel建立数据库进行数据分析,探索小儿烧伤的特点。

    采用SPSS 27.0统计学软件对数据进行分析,计数资料如(患儿性别、发生季节、烧伤严重程度)使用例数 (n) 和百分率 (%) 表示,组间比较采用χ2检验或Fisher确切概率法;计量资料如烧伤面积、 年龄等,正态分布的计量资料用均数$ \overline{x} $表示,组间比较采用t检验或方差分析(ANOVA),非正态分布的计量资料用中位数(M)和四分位数间距(IQR)表示,组间比较采用 Mann-Whitney U 检验或 Kruskal-Wallis 检验,以P < 0.05为差异有统计学意义。

    小儿烧伤可见于各年龄段,其中以幼儿期发生率最高,共873例(58.2%),其次学龄前期、学龄期,分别为336例(22.4%)、209例(13.9%),而新生儿期与婴儿期发生率最低,2期共82例(5.5%),见表2

    表  2  小儿烧伤年龄段分布
    Table  2.  Distribution of Age Groups in Pediatric Burns
    时期n占比(%)
    新生儿期+婴儿期825.5
    幼儿期87358.2
    学龄前期33622.4
    学龄期20913.9
    合计1500100.0
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    5年期间昆明医科大学第二附属医院收治入院1 500例小儿烧伤患者,有关小儿烧伤患者入院时间的分析显示,春季(3月、4月、5月)是患者入院的高峰期,累计404例(26.9%),其次是夏季(6月、7月、8月)和冬季,分别累计392例(26.1%)、389例(25.9%),相比之下,秋季(9月、10月、11月)小儿烧伤患者入院人数相对较少,累计315例(21.0%),在不同季节中,小儿烧伤患者的性别分布差异无统计学意义(P > 0.05),见表3。进一步细分到小儿烧伤患者的入院月份,8月是入院人数最多的月份,达到154例;而9月入院人数最少,为100例,此外,对小儿烧伤入院时的性别分布进行了分析,结果显示,男性每月入院人数均多于女性,见图2

    表  3  小儿烧伤季节分布与性别分布[n(%)]
    Table  3.  Seasonal and Gender Distribution of Pediatric Burns [n(%)]
    季节 性别(n 数值
    春季 243 161 404(26.9)
    夏季 244 127 392(26.1)
    秋季 186 129 315(21.0)
    冬季 252 137 389(25.9)
    合计 925 554 1500(100.0)
    χ2 5.11
    P 0.164
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    图  2  1~12月小儿烧伤患者性别分布
    Figure  2.  The distribution of pediatric burn patients by gender from January to December

    该5年期间昆明医科大学第二附属医院烧伤科收治入院小儿烧伤患者中,其中以热液烫伤(包括热油、热粥、开水等)为主要入院诊断,共1 211例(80.7%),其次是火焰烧伤患者,共223例(14.9%)。其他类型的烧伤,包括电击伤、高温金属灼伤以及其他罕见类型(如化学性烧伤、爆炸伤),占比较少,总计66例(4.4%),见图3

    图  3  小儿烧伤的致伤类型
    Figure  3.  Types of Injury Causing Pediatric Burns

    该5年期间昆明医科大学第二附属医院烧伤科小儿烧伤患者烧伤严重程度以中度烧伤为主,累计945例(63.0%),其次是特重度烧伤,累计241例(16.1%),轻度烧伤和重度烧伤为别累计168例(11.2%)、146例(9.7%),见表5。统计中小儿烧伤面积最大为98.0% TBSA,最小为0.1% TBSA,烧伤平均面积$ \bar x $为14.5% TBSA,中值为10.0% TBSA。

    表  5  小儿烧伤患者的临床结局与单种因素是否有关联的分析[n(%)]
    Table  5.  Analysis of the Clinical Outcomes of Pediatric Burn Patients and their Association with Single Factors[n(%)]
    因素计数资料总数临床结局(nχ2P
    理想不理想
    烧伤危重程度轻度168(11.2)1571123.453<0.001*
    中度945(63.0)93114
    重度146(9.7)1406
    特重度241(16.1)22615
    治疗方式手术、换药376(25.1)37154.5320.033*
    仅换药1124(74.9)108539
    是否自费自费345(23.0)329163.7200.054
    非自费1155(77.0)112530
    并发症344(22.9)323216.4900.011*
    1156(77.1)112036
      *P < 0.05。
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    分析1 500例小儿烧伤患者的入院诊断,统计出小儿烧伤所有损伤过的部位数量,部位计数单位为个,共4 195个,其中头面颈部占比为20.8%(871个),上肢占比21.5%(902个),下肢占比21.6%(908个),躯干占比23.4%(982个),会阴占比3.4%(143个),臀部占比9.3%(389个),见图4

    图  4  小儿烧伤患者烧伤部位分布
    Figure  4.  Distribution of Burn Sites among Pediatric Burn Patients

    该5 a期间昆明医科大学第二附属医院烧伤科烧伤患者入院人数共5501例,其中小儿烧伤患者共计1 500例,平均每年300名小儿烧伤患者,同年度小儿烧伤患者占比烧伤入院患者分别为31.1%(383例)、28.4%( 343例)、27.2%(269例)、24.2%(258例)、 24.5%(247例),同年度小儿烧伤患者占比有下降趋势(χ2 = 18.852,P < 0.001),见图5

    图  5  2018至2022年小儿烧伤患者占同期烧伤患者占比
    Figure  5.  Proportion of Pediatric Burn Patients among Total Burn Patients from 2018 to 2022

    小儿烧伤患者住院时长最短为1 d,最长为135 d,平均住院时间为12.4 d。统计中付费方式包括了城镇居民医保337例,新农合医保670例,贫困救助12例,商业健康保险1例,全公费3例,全自费345例,其他社会保险14例, 其他类118例。住院总费用最低花费127.00元,最高花费523 485.60元,住院平均费用为15 667.08元。

    统计该1500例小儿烧伤患者现住址,居住地为县级及以下的居住地累计1027例(68.5%),县级以上居住地累计473例(31.5%),2者比例为2.17∶1,居住地与小儿烧伤患者性别差异无统计学意义(χ2 = 0.172,P > 0.05),见表4

    表  4  小儿烧伤患者居住地点分布以及性别分布[n(%)]
    Table  4.  Distribution of Residence and Gender among Pediatric Burn Patients[n(%)]
    居住地 总数 性别(n
    县级及以下 1027(68.5) 629 398
    县级以上 473(31.5) 295 178
    χ2 0.172
    P 0.690
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    将转归为好转、治愈归为临床结局理想,共1454例,将转归为未愈、死亡归为临床结局不理想,共46例。小儿烧伤患者烧伤危重程度、治疗方式、是否有并发症与临床结局的差异有统计学意义(P < 0.05),是否自费与临床结局的差异无统计学意义(P > 0.05),见表5

    烧伤是1种主要由高温引起,或由辐射、放射、电、摩擦或接触化学品而导致的皮肤或其它器官组织的损伤,在研究全球烧伤流行趋势的文章中提到,烧伤是美国、欧洲、非洲等国家儿童意外死亡的主要原因[2-3],而在2023年发布的儿童烧伤创面处理专家共识中同样指出,烧伤仍然是我国儿童意外伤害的主要原因[4]。由此可见小儿烧伤的防护在全球范围内都应当得到重视。本研究回顾了2018年1月至2022年12月期间的小儿烧伤病例,通过统计分析发现小儿烧伤患者在春季入院人数最多,其次是夏季和冬季,秋季入院人数最少,这与云南雨季、冷空气频繁以及气温下降导致儿童穿着较厚等气象和季节因素有关。具体到月份,统计数据显示8月是小儿烧伤入院人数最多的月份。 这与夏季末的高温天气、儿童穿着较少以及易于接触火焰和热液表面有关[5]。在统计中发现,幼儿期儿童烧伤的占比远远大于其他时期,原因可以解释为以下几点:(1)儿童的认知发展晚于运动发展,使他们有接触危险的机会, 但没有预判和躲避危险的能力;(2)婴儿期儿童生理机能快速增长却又未发育成熟,此时对新鲜事物充满了好奇,较为好动但又易受到伤害;(3)家长的防范意识和受教育程度低。在年龄更大的学龄前期、学龄期,小儿烧伤的患者数量明显下降,这说明随着小儿年龄的增长,自身对于身体的控制、对于危险判断的意识、自身保护意识正慢慢提高,在统计病例中,男性小儿烧伤患者共983例,女性小儿烧伤患者共517例,男女比例为1.90∶1,造成这种差异的原因与男性患儿性格更加活跃有关。

    统计中致伤因素的分类表明,小儿烧伤患者大多数是由热液烫伤引起的,其中热油、热粥和热水是常见的致伤因素,这与安徽、江西、河南、甘肃等地小儿烧伤主要类型相同[610],热液包括热洗澡水、热油、热粥等常见溶液,热油、热粥常见为饭桌上热油意外倒出烫伤儿童,此类烫伤往往较重,热水常见小儿打倒水壶、水盆所致,也可见落入高温温泉或者是洗澡时家长未注意水温高低而导致小儿烫伤,监护人经常通过用手触摸水温评估水温,但这是不够的,因为他们无法仅通过触摸来判断推荐的温度[11]。火焰烧伤是第二大危险因素,常见场景包括燃放烟花爆竹和易燃物品。为预防这些伤害,监护人应选择安全性能有保障的插线板,定期更换老旧电器,将加热厨具和电器放置在儿童无法触及的位置,妥善存放酸碱类化学物品,并提供正确的急救措施教育。

    统计2018年至2022年小儿烧伤患者占同期烧伤患者的比例显示,小儿烧伤的发生率逐渐下降,这可能归因于我国近年来对小儿烧伤防治宣传的加强,以及监护人对小儿烧伤防护意识的提高。通过统计的数据,得出小儿烧伤最主要的类型为中度烧伤,最常见的烧伤部位为四肢和躯干,入院患儿平均烧伤面积为14.5% TBSA,平均住院时长为12.4 d,平均住院费用为15667.08元。烧伤患者往往花费较大,幸运的是,大多数小儿烧伤患者能够得到一定程度的住院费用报销,这减轻了患者家庭的负担。相较于2018年前,因经济困难而放弃治疗的家庭数量大大降低,根据《2022年全国医疗保障事业发展统计公报》的数据报道,在2022年我国基本医保参保人数已达到13.5亿人,覆盖率稳定在95%以上,这为群众提供了全面的医疗保障,也是提高小儿烧伤患者的治愈率的重要保障。

    在居住地方面,小儿烧伤患者主要分布在县级及以下地区,分析其原因:(1)居住条件差;(2)监护人的文化水平普遍较低;(3)小儿缺少监管,比如天气寒冷的季节,在落后地区,家庭取暖方式大多使用火盆取暖,小儿踩翻火盆、跌入火盆的情况时常发生,并且家中热水储存方式多选用热水壶,小儿打翻水壶导致烫伤的情况也经常发生,监护人对小儿防烧烫伤的意识不强,文化水平不高,落后地区家庭缺少对小儿的监管[12];(4)云南农村地区有吃杀猪饭的情况,烧水时小儿玩闹过程中不慎跌入烧伤水的锅中造成大面积烧伤,此类原因造成的大面积烧伤往往病情危重,致死率极高。

    3.2.1   入院治疗方案

    小儿烧伤患者在入院后,通常根据烧伤的程度、患者的体重以及烧伤后的生理状态来确定补液量,后根据烧伤深度来确定治疗方案,浅度烧伤创面一般外用抗感染药物以及生长因子后使用纱布包裹创面,深度烧伤创面常用治疗方案为切削痂、植皮、VSD负压引流等方法[13]

    3.2.2   药物使用

    小儿烧伤发生后所选取的药物对存活率有着重大的影响,现仍有不少医院及患者家属在患者烧伤发生后选择外用烧伤膏治疗,此类药并无抑菌作用,对烧伤创面保护作用差,使用不当易加重感染,并导致痂下感染,不利于创面引流[14],小儿烧伤因其皮肤较薄,机体免疫力差,体温调节不完善,创面外用药应使用有确切抗菌效果的磺胺嘧啶银等。对于深度烧伤的创面,应及时切除焦痂,预防痂下感染[15]。入我院就诊的烧伤患者常在烧伤发生后使用此类烧伤膏,且从下级医院转入我科的患者仍存在将湿润烧伤膏作为常规药物使用,因此普及烧伤常见外用药物的使用方法尤为重要,笔者单位早已摒弃使用湿润烧伤膏,常使用复方多粘菌素B软膏、磺胺嘧啶银乳膏、莫匹罗星软膏、重组人碱性成纤维细胞生长因子喷剂、重组牛碱性成纤维细胞生长因子喷剂等药物进行换药,疗效可。

    3.2.3   小儿疼痛管理及心理健康问题

    小儿烧伤患者在治愈过程中常常伴随着难以忍受的痛苦,不受控制的疼痛会对患者产生短期和长期的负面影响,包括生理和心理[16],儿童疼痛管理是最复杂和最具挑战性的医学问题之一[17],损伤和治疗干预(例如,敷料更换和清创、切痂和植皮)引起的炎症相关的代谢失衡可进一步加重疼痛[18],在临床上,烧伤科医师常使用阿片类药物和非阿片类药物用于减轻烧伤患者伤口护理相关的疼痛[19],而阿片类药物是烧伤成人的主要治疗方法,在小儿烧伤人群中,缺乏足够循证研究来指导阿片类药物的处方实践,在阿片类药物长期的使用中会引起不良反应,如增加药物的耐受性、成瘾性等[21],有研究表明合理的利用非药物干预措施可显著降低烧伤后所带来的疼痛,非药物治疗包括有分散患者注意力、更换理想敷料、结合VR游戏等等[22],这些措施均能够有效的减少对小儿烧伤患者阿片类药物的使用。

    在换药过程中,患儿常因为敷料与皮肤组织之间发生的撕脱而引起剧烈的疼痛,因此全球烧伤专家一直在寻找一种理想的烧伤敷料,有关“理想敷料”最重要的几个特质:(1)抗感染能力强;(2)无痛换药;(3)缺乏粘附性;(4)高吸收性。根据烧伤专业多年的发展,各种新型烧伤敷料层出不穷,因敷料的抗感染这一特性发展迅速,现在焦点反而转移到了如何减轻换药时给患者所带来的痛苦[23],这也是广大烧伤患者密切关注的问题。新型敷料包括生物敷料、透明敷料、水凝胶敷料、纳米敷料、生物膜敷料、智能敷料等,相较于传统敷料在促进伤口愈合、抗菌和防感染、渗透性和透气性、舒适性和便利性以及个性化治疗等方面具有明显的优势,但缺点之一是价格普遍昂贵。

    3.2.4   小儿烧伤预后

    小儿烧伤患者的预后通常不尽如人意,常伴随瘢痕增生、慢性溃疡、毛囊损伤和心理疾病等后遗症,烧伤幸存的儿童经常需要长期、昂贵的临床干预来满足复杂的多维身体和情感需求。小儿烧伤患者早期的瘢痕防治十分重要,有1项研究得出儿科患者伤口愈合所需的每增加1 d,瘢痕形成风险就会增加1.138倍,这突出了预防瘢痕快速愈合的必要性[24],瘢痕的治疗常见的包括手术植皮、药物涂抹、局部按摩、压迫治疗、佩戴康复支具、激光治疗、靶向药物治疗及其他方法[2526],如较先进的干细胞疗法,骨髓、尿液、脂肪等来源的干细胞可以用于改善慢性伤口的愈合[2728]。后期若瘢痕挛缩导致功能部位受限则需行瘢痕畸形的修复手术。此外,应注意小儿烧伤患者的因烧伤后遗症带来的心理问题,有研究表明,小儿烧伤幸存者出现的负面心理障碍风险呈上升趋势[29],他们可能会出现PTSD、ODD、SAD、ADHD等心理障碍[30],小儿烧伤发生后的心理问题开始恢复时间较晚,发展速度也比身体恢复速度慢[31],应长期密切观测患儿的心理状况,避免产生一系列心理疾病而导致失去社交能力,因此在治疗小儿烧伤的整个过程中,不仅要对患儿身体损伤进行治疗,更要预防和早期干预患儿可能因烧伤所带来的一系列的心理障碍。

    3.2.5   小儿烧伤预防

    遵从“预防重于治疗”这一理念[32],对于相关宣传部门,应该加强对小儿烧伤防治理念的传播,在学校、家庭、社区中开展烧伤教育活动,以及联合社交平台合理使用大数据分析精准定位高风险人群,为他们普及烧伤安全意识,如为小儿提供安全的居住环境,减少小儿接触危险的机会,家中配备灭火器等等。除此之外,还应为监护人提供切实有效的烧伤发生时的急救措施,在火灾发生时,监护人应该保护好患儿口鼻,防止吸入性损伤的发生,在安全的位置使用大量冷水冲洗创面,冲洗时观察患儿体温变化,以免患儿体温过低;在触电发生时,监护人应安全断电,评估患儿体征,必要时行心肺复苏,一个及时且正确的现场急救能够使显著减轻患儿的病情并且可以增加患儿的存活率及改善患儿的预后。通过研究调查发现,以高危人群为重点,将主动预防策略与被动预防策略相结合的预防手段往往是有效的,应切实有效的提升监护人对急救措施的认知与实施能力,从而为小儿的健康与安全保驾护航。

    (1)缺少对小儿烧伤患者治疗过程中心理健康的评估;(2)缺少对小儿烧伤患者出院后心理健康预后的随访;(3)缺少小儿烧伤患者出院后瘢痕发展情况的跟踪数据。

  • 图  1  生存曲线图

    A: CNE1组细胞的生存曲线;B:CNE2组细胞的生存曲线。

    Figure  1.  Figures of survival curves

      *P < 0.05。

    图  2  母细胞株和放化疗抵抗细胞株差异表达lncRNAs的火山图

      注:其中红点表示显著上调的lncRNAs,蓝点表示显著下调的lncRNAs,中间灰点表示无明显变化的lncRNAs。A:CNE1组细胞中lncRNAs的差异表达;B:CNE2组细胞中lncRNAs的差异表达。

    Figure  2.  Volcano plot of differentially expressed lncRNAs in parental and chemoradioresistant cell lines

    图  3  母细胞株和放化疗抵抗细胞株差异表达lncRNAs的聚类热图

      注:绿色区域表示低表达lncRNAs,红色区域表示高表达lncRNAs。

    Figure  3.  Clustering heat mapof differentially expressed lncRNAs in parental and chemoradioresistant cell lines

    图  4  CNE1CRR与CNE1,CNE2CRR与CNE2中差异表达lncRNA韦恩图

    A:CNE1细胞组差异表达;B:CNE2组细胞差异表达。

    Figure  4.  Venn diagram of differentially expressed lncRNAs in group CNE1CRR and CNE1,CNE2CRR and CNE2

    图  5  GO功能富集分析柱状图

    A:柱形图显示,CNE1组差异lncRNAs靶基因的GO功能富集情况;B:柱形图显示,CNE2组中的差异lncRNAs靶基因的GO功能富集情况。横轴表示功能富集显著性水平(P-Value)的-Log10P值,纵轴表示GOterm;BP: Biological Process; MF:Molecular Function;CC: Cellular Component。

    Figure  5.  Histogram of GO functional enrichment analysis

    图  6  荧光定量qRT-PCR验证结果

    Figure  6.  Validation result of Fluorescence quantitative qRT-PCR

    表  1  CNE1和CNE2放化疗抵抗细胞鉴别的放射生物学参数

    Table  1.   Radiobiological parameters to identify the chemoradioresistance of CNE1 andCNE2

    分组SF2D0(Gy)Dq(Gy)
    CNE1 0.60 1.96 1.41
    CNE1 CRR 0.65 2.30 1.53
    CNE2 0.50 1.93 0.89
    CNE2 CRR 0.68 2.55 1.57
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    表  2  CNE1CRR 及CNE2CRR中上调或下调前10位的lncRNAs

    Table  2.   Top 10 lncRNAs up-regulated and down-regulated in CNE1CRR and CNE2CRR

    上调lncRNALog2FC下调lncRNALog2FC
    CNE1CRR
     USP27X-AS1 10.13 LOC100505817 −9.96
     LOC100131315 10.12 LOC102723739 −8.77
     LINC00514 9.32 LINC01004 −8.71
     LINC00466 9.16 LOC102724281 −8.51
     XIST 8.77 CPS1-IT1 −8.44
     COLCA1 8.62 CDKN2B-AS1 −8.41
     LOC102724360 7.96 GABPB1-AS1 −8.23
     LOC101929042 7.44 LOC100505771 −8.22
     LOC101926931 7.06 SNHG10 −8.03
     LOC101929173 6.47 AC091729.9 −7.96
    CNE2CRR
     LOC100507103 4.84 LOC101928152 −5.82
     DBH-AS1 4.63 LINC00239 −5.46
     LOC101927037 4.52 LINC00992 −5.39
     LOC102724255 4.26 LOC101929173 −5.39
     LINC00470 4.02 LINC00638 −5.24
     LOC113230 3.84 SEC24B-AS1 −5.07
     LOC101928430 3.58 IL21-AS1 −4.89
     LOC100996442 3.52 TMEM254-AS1 −4.87
     LOC642366 3.39 LINC00968 −4.87
     LRP4-AS1 3.39 LOC101928117 −4.77
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    表  3  CNE1和CNE2组差异lncRNAs靶基因通路富集

    Table  3.   Pathway enrichment of differentially expressed lncRNAs target genes in CNE1 and CNE2 groups

    通路编号通路名称富集指数数量FisherP
    CNE1组      
     04141 Proteinprocessingin endoplasmic reticulum 2.21 14 < 0.0001*
     05162 Measles 2.17 11 0.01*
     04210 Apoptosis 2.35 8 0.02*
     05203 Viral carcinogenesis 1.79 14 0.02*
     01212 Fatty acid metabolism 2.76 5 0.03*
     05169 Epstein-Barr virus infection 1.71 13 0.04*
     05166 HTLV-I infection 1.61 16 0.04*
     00310 Lysine degradation 2.6 5 0.04*
     01100 Metabolic pathways 1.25 55 0.04*
     00900 Terpenoid backbone biosynthesis 3.78 14 0.04*
    CNE2组
     00590 Arachidonic acid metabolism 4.81 4 0.01*
     04660 T cell receptor signaling pathway 3.75 5 0.01*
     00565 Ether lipid metabolism 5.84 3 0.01*
     04141 Protein processing in endoplasmic reticulum 2.92 6 0.02*
     03420 Nucleotide excision repair 5.22 3 0.02*
     05014 Amyotrophic lateral sclerosis (ALS) 4.54 3 0.03*
     00785 Lipoic acid metabolism 27.24 1 0.04*
     00030 Pentose phosphate pathway 5.84 2 0.05
      *P < 0.05。
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出版历程
  • 收稿日期:  2022-05-06
  • 网络出版日期:  2022-10-29
  • 刊出日期:  2022-11-14

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